如何運行分析
Seahorse XF 分析學習中心
實現成功分析所需的實驗流程、技術與資源
本學習中心旨在向您介紹 Seahorse XF 分析工作流程,重點介紹實驗流程與技術,確保獲得出色的 XF 分析性能與結果。在您閱讀每一部分時,流程是指使用安捷倫 Seahorse XF 實時交通 ATP 傳輸速度檢驗神經細胞卡路里代謝率表型試驗進行初始細胞表征。所述的技術適用于所有 Seahorse XF 分析,如接種貼壁細胞、加藥口上樣等。只有必需消耗品根據 XF 分析儀型號和 XF 檢測試劑盒的不同而有所不同。使用下拉菜單選擇您的 XF 分析儀,然后單擊以下部分即可顯示 XF 分析工作流程相應步驟的相關內容。
注:XF HS Mini 分析儀兼容標準 XFp 迷你板、XFp PDL 迷你板、XF HS 迷你板和 XF HS PDL 迷你板。設計 XF HS 迷你板和 XF HS PDL 迷你板的目的是每孔可使用更少細胞進行 XF 分析,以便對非增殖細胞或數量有限的細胞進行功能分析。
XFp 迷你板和 XF HS 迷你板都包含一塊 8 孔細胞培養板,但 XF HS 迷你板的不同之處在于,在每個孔的中心有一個凸起的“環狀”元件。這意味著每孔的接種面積為 0.031 cm2,約為標準 XFp 細胞培養板的 30%。XF HS 迷你板還預裝有硅膠細胞接種遮罩和板蓋。每包 XF HS 迷你板都配有一個遮罩拆卸工具。
注:建議對 XF HS 迷你板和 XFp 迷你板均進行細胞密度優化。
1. 準備實驗材料
注:所有 XFp 檢測試劑盒和消耗品均與 XF HS Mini 分析儀兼容。
1.1 安捷倫提供的必需材料
- 帶控制器的安捷倫 Seahorse 分析儀
- 安捷倫 Seahorse 分析儀
- 安捷倫 Seahorse XFe96 FluxPak/XFe96 FluxPak mini
- 安捷倫 Seahorse FluxPak
- 安捷倫 Seahorse FluxPak
- 安捷倫 Seahorse XFp 或 XFp PDL FluxPak
- 安捷倫 Seahorse XFp、XFp PDL、XF HS 或 XF HS PDL Mini FluxPak
- 合適的檢測試劑盒
- 合適的 XFp 檢測試劑盒
- 合適的 XF 檢測液
- Seahorse XF DMEM 檢測液,pH 7.4,或 Seahorse XF RPMI 檢測液,pH 7.4
- Seahorse XF 葡萄糖(1.0 M 溶液)
- Seahorse XF 丙酮酸鈉(100 mM 溶液)
- Seahorse XF 谷氨酰胺(200 mM 溶液)
相關支持材料
- 培訓網絡研討會:準備實驗材料
- Seahorse XF 探針板和組織培養微孔板
- Seahorse XF 檢測試劑盒與試劑
- 消耗品指南
- 消耗品指南
- 消耗品指南
- 消耗品指南
- 消耗品指南
- 消耗品指南
- Seahorse XF 培養基和緩沖液選擇指南
- 制備 XF 檢測液
- 制備 XF 檢測液
- 細胞表征:XFe96/XF96 分析儀和 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定
- 細胞表征:XFe24 分析儀和 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定
- 細胞表征:XFp 分析儀和 Seahorse XFp 實時 ATP 速率測定
- 細胞表征:XF HS Mini 分析儀和 XF 實時 ATP 速率測定
- 細胞表征:采用 XF HS Mini 分析儀、HS 迷你板進行 XF 實時 ATP 速率測定
參考資料
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 模板
- 安捷倫細胞分析出版物數據庫
搜素動用安捷倫細胞膜探討數據顯示的刊發物的系統下拉列表。
1.2 用戶提供的其他必需材料
其他必需材料
- 37 °C 無 CO2 培養箱
- 細胞計數器/血細胞計數器
- 37 °C 水浴
- 蒸餾水或無菌 H2O
- 倒置明視場顯微鏡
- 接觸式渦旋混合儀
- 15 和 50 mL 錐形管
- P200、P1000、8 通道和/或 12 通道 P200 移液器
- P200、P1000、8 通道 P200 移液器
- 試劑槽
推薦材料
- 使用細胞培養板適配器(使用懸浮細胞時需要)進行離心
- 微量離心管
- 已校準的 pH 計*
- 攪拌盤*
- 無菌濾瓶(0.22 μm 濾膜)和蓋子*
- 1.0 N NaOH 溶液*
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參考資料
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 模板
- 安捷倫細胞分析出版物數據庫
閱讀選用安捷倫組織細胞研究數據顯示的出版發行物的完成文件列表。
僅顯示 Seahorse 的信息
更改儀器類型2. 準備進行 XF 分析
注:查看工作流程示意圖,了解運行 XF HS Mini 實驗所涉及的步驟。
選取運行工藝流程操作步驟以顯現讓內容。2.5 準備 XFp PDL 或 XF HS PDL 迷你板(僅適用于懸浮細胞)
2.1 選擇細胞接種密度
選擇細胞接種密度的基本流程
為使用安捷倫 Seahorse 細胞系能量轉換消化吸收講解儀講解儀有效檢測代謝和生物能量代謝功能,首先需要根據細胞在基礎呼吸和最大呼吸 (OCR) 以及細胞外酸化 (ECAR) 條件下的代謝活動,表征特定的細胞類型。Seahorse XF 24小時 ATP 數率測量免疫試劑盒Seahorse XFp 公交實時 ATP 速率單位法測定化學藥品盒可以通過一次性實驗性多次小調查表征目標細胞系/細胞類型。
不同類型細胞的最佳細胞接種數量不同,但對于貼壁細胞通常介于 5 × 103 至 4 × 104 細胞/孔之間。懸浮細胞需要更高的接種密度,從 5 × 104 至 2 × 105 細胞/孔,具體取決于細胞類型。1 × 104 至 8 × 104 細胞/孔之間。通常,可使融合度達到 50%–90% 的密度即可獲得儀器理想/動態范圍內的代謝率。
與眾其他業務類型上皮腫瘤細胞和孔板的最優上皮腫瘤細胞育苗占比與眾其他。一般是,能致融入度完成 50%–90% 的容重必須拿到測試儀器自然/情況區域內的消化吸收率,詳細下表。對于 XF HS 迷你板和 XF HS PDL 迷你板,貼壁細胞的最佳接種數量通常介于 1.0 × 103 至 1.0 × 104 細胞/孔之間。懸浮細胞需要更高的接種密度,從 2.0 × 104 至 7.0 × 10
對于 XFp 迷你板和 XFp PDL 迷你板,貼壁細胞的最佳接種數量通常介于 5 × 103 至 4 × 104 細胞/孔之間。懸浮細胞需要更高的接種密度,從 5 × 104 至 2 × 10
請參閱安捷倫細胞分析出版物數據庫,了解滿足您特定需求的起始細胞密度。
孔板類型 | 最佳細胞接種數量(細胞/孔) | |
---|---|---|
貼壁細胞 | 懸浮細胞 | |
XF HS 迷你板/XF HS PDL 迷你板 | 1.0 × 103 – 1.0 × 104 | 2.0 × 104 – 7.0 × 104 |
XFp 迷你板/XFp PDL 迷你板 | 5 × 103 – 4 × 104 | 5 × 104 – 2 × 105 |
選擇細胞接種密度的基本流程
為動用安捷倫 Seahorse 內部體力的基礎分解探討儀有效率測量的基礎分解和怪物體力的基礎分解效果,一開始須得表明內部在的基礎吸呼和較大 吸呼 (OCR) 包括內部外過酸 (ECAR) 先決條件下的的基礎分解游戲活動,定量分析相應的內部類。Seahorse 內部體力的基礎分解表型測試化學試劑盒能夠進行兩回小實驗報告定量分析制定目標內部系/內部類不同類型細胞的最佳細胞接種數量不同,但通常介于 1 × 104 至 8 × 104 細胞/孔之間。通常,可使融合度達到 50%–90% 的密度即可獲得儀器理想/動態范圍內的代謝率。
請參閱安捷倫細胞分析出版物數據庫,了解滿足您特定需求的起始細胞密度。
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參考資料
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 模板
- 安捷倫細胞分析出版物數據庫
搜素用到安捷倫人體細胞講解統計資料的出版界物的詳細完整目錄。
2.2 水化探針板
水化 8 孔感知器探針板的基本流程
注:XFp 探針板與 XF HS Mini 分析儀兼容
傳感器探針板是 XFp HS Mini 分析平臺的重要組成部分。傳感器探針板的每個探針尖均布滿固態傳感器材料,可通過檢測 pH 和 O2 濃度數據的變化來計算代謝速率。為使傳感器能夠正常工作,必須對其進行充分水化處理。
在進行 XFp HS Mini 分析前一天:
- 將至少 20 mL XF 校準液加入 50 mL 錐形管中。將其放置在無 CO2 培養箱中,37 °C 下培養過夜。
- 將至少 5 mL XF 校準液加入 15 mL 錐形管中。將其放置在無 CO2 培養箱中,37 °C 下培養過夜。
- 打開細胞能量代謝分析試劑盒,取出其中的內容物。
- 從綠色盒子中取出 3 包探針板。揭下密封箔,待用。
- 將探針板倒置于水化板旁邊。
- 將水化板與探針板分開,并將探針板倒置于水化板旁邊。
- 向水化板的每個孔中加入 200 μL 組織培養級無菌水。
- 向孔周圍的每個水槽填充 400 μL。
- 將探針板置于水化板上,使探針浸入水中。
- 確定水位足夠高,可使探針保持浸沒狀態。
- 將其放入無 CO2 培養箱中 37 °C 過夜。為防止水蒸發,請確保培養箱已適當加濕。
- 學習中心的第 3.1 節將繼續介紹探針板水化方案,請繼續閱讀
- 打開安捷倫 Seahorse 能量代謝分析試劑盒,取出其中的內容物。
- 將探針板倒置于水化板旁邊。
- 向水化板的每個孔中加入 1 mL XF 校準液。
- 將水化輔助板放置在水化板頂部。
- 將探針板透過水化輔助板的開口置于水化板上,使探針浸入 XF 校準液中。
- 將探針板置于水化板上,使探針浸入水中。
- 確定 XF 校準液位足夠高,可使探針保持浸沒狀態。
- 將其放入無 CO2 培養箱中 37 °C 過夜。為防止 XF 校準液蒸發,培養箱應適當加濕。
- 重要說明:在將探針板放入安捷倫 Seahorse 分析儀之前,必須先取下水化輔助板。否則可能會對探針板和分析儀造成損害。參閱第 3 部分的進一步說明。
相關支持材料
參考資料
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 模板
- 安捷倫細胞分析出版物數據庫
觀看應用安捷倫生殖細胞進行分析數據統計的出版商物的完成詳細信息。
2.3 設計實驗
您可以利用 Wave DesktopPro 軟件輕松創建和自定義分析模板文件,以便在 Seahorse 分析儀上分析。
什么樣是做闡述文檔摸版系統相關文件名稱目錄?將做闡述文檔摸版系統相關文件名稱目錄算為您在科學試驗室手記本下列設計的科學試驗的電商副本任務。做闡述文檔摸版系統相關文件名稱目錄中設置的資訊查詢將作科學試驗記錄卡儲存在成果系統相關文件名稱目錄中,可以由您或別合作方式者做遠程管理和自己工作,在做闡述提交后為成果數據資訊出示機構和組織性,并在需用時為問題檢測出示有交換價值的資訊查詢。 研究分析模板制作文件目錄的 3 個原素是:- 組定義
- 板布局
- 儀器方案
組定義
- 打開 Wave 2.6Pro 軟件
- 單擊 Templates(模板)(位于 Wave 主頁下方)
- 打開名為 XF Real-Time ATP Rate Assay(XF 實時 ATP 速率測定)的分析模板
- 在 Group Definitions(組定義)視圖中,您將看到加樣策略、預處理、檢測液和細胞類型的預添加信息。
- 雙擊 Pretreatments(預處理)并卸載 Control & Experimental(對照與實驗)條目。
- 雙擊 Cell Type(細胞類型)并移除名為 Cells(細胞)的默認條目(請參閱安捷倫細胞分析出版物數據庫)。
- 在 Cell Type(細胞類型)組定義中,單擊 Cell Type(細胞類型)和 Add(添加)來添加新的細胞類型條目,并輸入要分析的細胞類型的名稱。建議將接種密度添加到組名稱中。例如,C2C12 細胞款式每孔接種密度為 20000 個細胞,則命名為:20k C2C12
每個細胞類型定義重復 3 次。
提前準備:由 XFe24 定量分析儀器的 24 孔微孔板板手段,該上皮細胞育苗容重調優方案怎么寫能否安全使用都具有 4 種上皮細胞育苗容重的 1 塊上皮細胞板執行程序(每組 n = 5)。基于 XFe96 具體分析儀器的 96 孔微孔過濾板結構類型,該生殖體神經細胞疫苗注射孔隙率調優方式能夠實用兼備 4 種生殖體神經細胞疫苗注射孔隙率的 1 塊生殖體神經細胞板制定(每組 n = 22–24)。考慮到剖析儀的 8 孔小形砂芯過濾器板狀態,該上皮人體腫瘤細胞育苗黏度單位優化提升策劃方案須得的使用每板具有著 2 種上皮人體腫瘤細胞育苗黏度單位的 2 塊上皮人體腫瘤細胞板執行程序(每組 n = 3)。在設計剖析微信小程序模板時,您能否:- 為第 3 和第 4 細胞接種密度組創建新的分析模板。
- 將 4 個細胞接種密度組添加到一個分析模板中,并在用細胞接種密度組 1 和 2 進行第一次測定后將第 3 和第 4 個細胞組重新分配到板布局。
- 在用細胞接種密度組 1 和 2 進行第一次測定后,重新命名該模板中的組。
- 完成組命名后,單擊 Generate Groups(生成組),Wave 將自動創建 4 個獨有的分析組。請注意,組名稱包含用于簡化板布局分配的細胞類型和接種密度。
下一步是將組分配至板布局。
板布局
- 單擊功能區(在“分析導航”下方)中的 Plate Map(板布局)。
- 為板布局分配第一個細胞接種密度組。要為板布局分配組,請先單擊組列表中的組名,然后:
- 單擊列標題(即 1、2、3 等)或行標題(即 A、B、C 等)
- 用鼠標左鍵單擊在板布局上拖放一個孔區域。
- 單擊板布局上的單個孔。
- 重復下一個細胞接種密度組。建議板布局如上圖/下圖所示。
儀器方案
- 單擊功能區(在“分析導航”下方)中的 Instrument Protocol(儀器方案),查看或編輯儀器方案。
留意:默認儀器方案不需要修改,但您可以更改方案命令的名稱、加樣之前/之后的測定次數或每次測定執行的時長。- 修改儀器方案設置將直接影響測定過程中數據的采集方式。對于此示例,使用(并推薦)默認的儀器方案。
- 如果您需要修改默認儀器方案,在執行細胞接種密度優化分析之前,建議您查看 Wave 用戶指南中的儀器方案部分,如有必要請聯系安捷倫細胞分析技術支持。
- 最后,單擊功能區(在“分析導航”下方)中的運動了解添加其他實驗詳細信息,保存模板文件,然后啟動細胞接種密度優化分析。
- 單擊功能區(在“分析導航”下方)中的程序運行定性分析,添加其他實驗詳細信息并保存模板文件。
- 按照 XFp 細胞能量代謝分析儀用戶指南中概述的步驟將分析模板文件轉移至 XFp 分析儀,以進行第一次細胞接種密度優化分析。
- 按照 XF HS Mini 細胞能量代謝分析儀用戶指南中概述的步驟將分析模板文件轉移至 XF HS Mini 分析儀,以進行第一次細胞接種密度優化分析。
2.4 接種細胞
2.3 接種細胞
接種貼壁細胞的基本流程(通常在 XFp HS Mini 分析前一天進行)
對于需要測試的每個密度,根據指導接種貼壁細胞。查看接種懸浮細胞的說明。
安捷倫 Seahorse XFp HS Mini 分析在安捷倫 Seahorse 96 孔 24 孔 8 孔 XFp 細胞養育納米纖維板 細胞培育mini板 p、XF HS、XFp PDL 或 XF HS PDL 迷爾板上,結合檢測器板來進行。 XFe96 檢測器板進行。 8 孔檢測器板來。本流程介紹了針對安捷倫 Seahorse 分析儀的貼壁細胞接種建議。查看接種懸浮細胞的說明。
第一次了解時,最好便用 XF96 上皮細胞激發板、XFe96 探頭板和 Seahorse XF 城市熱力圖 ATP 數率法測定化學藥品盒各類實驗室設備測量4種不一樣的上皮細胞體積。 第一回定量分析時,個人建議便用二塊血血細胞系培訓板、3個探頭板和 XF 血血細胞系力量產生表型測驗制劑盒以其實驗儀器測驗多種有差異的血血細胞系規格和多種有差異的 FCCP 質量濃度。 首個概述時,建意使用的 XF24 體細胞核的培養納米纖維板、XFe24 測式探針板和 Seahorse XF 24小時 ATP 傳輸速度檢驗化學制劑盒以其檢測儀器測式哪幾種有差異 的體細胞核規格。首次分析時,建議使用 XFp 細胞培養迷你板、XFp 8 孔檢測器板和 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定試劑盒以及 XFp 實驗儀器 XF HS Mini 概述儀測試 2–4 種不同的細胞密度。
如圖是都是個使用在預防接種十個內部高密度的建議大家 XF96 的檢測板平面布置:細胞密度滴定分析接種
圖一為都是個用在育苗3個神經元密度單位的最好是驗測板空間布局:FCCP 濃度滴定分析接種
假若您就已經 展開了神經元注射疫苗比熱容講解且/或分享了全部的孔的最好神經元數,可以了操作除背景圖案調節孔模版的全部的孔中注射疫苗的最好神經元數(1.0 × 神經元/孔)展開 FCCP 滴定講解。以至于,明確低于闡明展開神經元注射疫苗和探頭板水化/化學合成,并操作低于強烈推薦的板布局圖測式兩個溶液濃度的 FCCP:可選擇兩種工作流程:(1) 對于不限數量的細胞,可在多個 XFp 細胞培養迷你板中以不同濃度接種,以縮短實驗間的時間,更快地完成表征工作流程(快速工作流程)。(2) 對于數量有限的細胞,在第一次實驗結果確定后,再制備更多細胞(標準工作流程)。會按照測試數據腫瘤組織系溶解度和測算的根本頻率,下一回腫瘤組織系總數網站優化科學實驗有機會須得太多或少些的腫瘤組織系。
實驗 | 原理 | 快速工作流程 | 標準工作流程 |
---|---|---|---|
以一個或多個不同密度接種細胞,目測細胞融合度;選擇迷你板進行下一步驟。 | 為獲得儀器動態范圍內的代謝率,細胞融合度應為 50%–90%。可以通過目測來初步確定細胞密度是否合適,并在每次分析中進一步驗證。 | 根據下圖,以 2–4 種不同密度在 1–2 塊迷你板上接種。 | 在 1 塊迷你板上接種 1 個密度的細胞;水化 1 塊 XFp 探針板。 |
2.4.1 XFp 迷你板
- 根據上述標準或快速工作流程,選擇 2–4 個細胞密度進行測試。可選擇上述參考文獻中的范圍,也可接種建議的細胞/孔數值 (1X) 加 0.5X、2X 和 4X 細胞/孔。
- 從藍色盒子中取出三包迷你板。
- 揭下密封箔,待用。
- 在細胞培養孔周圍的水槽中加入無菌水或 PBS。將 8 通道移液器設為 200 μL,填充水槽兩側(每個腔室容納兩個吸頭)。如果沒有多通道移液器,向水槽的每個腔室加入 400 μL 無菌水或 PBS(共 3200 μL)。
- 向 A 孔和 H 孔中加入 80 μL 生長培養基(無細胞),作為背景校正孔。
- 對于 XFp 迷你板,向 A 孔和 H 孔中加入 80 μL 生長培養基(無細胞),作為背景校正孔。
- 收集并重懸細胞,使其達到在 80 μL 生長培養基中接種的最終所需濃度。最佳細胞接種數量差別很大,通常為 5 × 103 – 4 × 104 細胞/孔,但仍須根據經驗確定。(如對于 1 × 104 細胞/孔,每 80 μL 重懸細胞 1 × 104 = 1.25 × 105 細胞/mL)
- 對于細胞接種密度優化實驗,根據上述標準或快速工作流程,選擇 2–4 個細胞密度進行測試。可選擇上述參考文獻中的范圍,也可接種建議的細胞/孔數值 (1X) 加 0.5X、2X 和 4X 細胞/孔。
- 從藍色盒子中取出三包迷你板。
- 揭下密封箔,待用。
- 在細胞培養孔周圍的水槽中加入無菌水或 PBS。將 8 通道移液器設為 200 μL,填充水槽兩側(每個腔室容納兩個吸頭)。如果沒有多通道移液器,向水槽的每個腔室加入 400 μL 無菌水或 PBS(共 3200 μL)。
- 對于 XFp 迷你板,向 A 孔和 H 孔中加入 80 μL 生長培養基(無細胞),作為背景校正孔。
- 收集細胞并在溫熱的生長培養基中重懸,使其達到所需濃度。示例請參閱表格,如果 XFp 迷你板需要 1 × 104 細胞/孔,用適當體積重懸細胞,得到 1 × 104 細胞/80 μL/孔 或 1.25 × 105 細胞/mL。
孔板類型 | 最終貼壁細胞接種體積 | 最終接種密度(僅示例) | 換算為 mL |
---|---|---|---|
XFp 迷你板/ XFp PDL 迷你板 |
80 μL | 1.0 × 104 細胞/80 μL | 1.25 × 105 細胞/mL |
接種貼壁細胞的基本流程(通常在 XF 分析前一天進行)
- 接種安捷倫 Seahorse XF24 細胞培養微孔板時建議采用兩步接種過程。該兩步過程可獲得一致的單層細胞。
- 收集并重懸細胞,使其達到在 80 μL 生長培養基中接種的最終所需濃度。最佳細胞接種數量差別很大,通常為 5 × 103 – 4 × 104 細胞/孔,但仍須根據經驗確定。(如對于 1 × 104 細胞/孔,每 80 μL 重懸細胞 1 × 104 = 1.25 × 105 細胞/mL)
- 收集并重懸細胞,使其達到在 100 μL 生長培養基中接種的最終所需濃度。最佳細胞接種數量差別很大,通常為 1 × 104 – 8 × 104 細胞/孔,但仍須根據經驗確定。(如對于 2 × 104 細胞/孔,每 100 μL 重懸細胞 2 × 104 = 2.0 × 105 細胞/mL)
- 每孔接種 80 μL 細胞懸液;請勿在背景校正孔(A1、A12、H1、H12)中接種細胞。確保背景校正孔中僅有培養基(無細胞)。
- B–G 每孔接種 80 μL 細胞懸液;請勿在背景校正孔(A 和 H)中接種細胞。確保背景校正孔中僅有培養基(無細胞)。
- 每孔接種 80 μL 細胞懸液。請勿在背景孔 A 和 H 中加入細胞。如果孔底有氣泡,可將板以 200 × g 離心 1–2 分鐘來去除氣泡。
- 每孔接種 100 μL 細胞懸液;請勿在背景校正孔(A1、B4、C3、D6)中接種細胞。確保背景校正孔中僅有培養基(無細胞)。
- 重要提示:在室溫下將板在組織培養罩中放置一小時1。這一過程可以促進細胞分布,減少某些細胞類型的邊緣效應。用顯微鏡觀察貼壁情況。
- 將板置于標準細胞培養箱中,使細胞貼壁。貼壁能力強的細胞一般需要 1 小時左右即可貼壁,而貼壁能力弱的細胞則需要 5–6 小時。用顯微鏡觀察貼壁情況。
- 一小時后,檢查細胞的貼壁情況。
- 如果細胞貼壁情況較好,則分別向每個孔中額外加入 150 μL 細胞生長培養基(共 250 μL),然后將板轉移至標準細胞培養箱。
- 如果細胞就沒有很好地粘附在板上,則還需要 1–5 小時使細胞牢固附著(在生物安全柜中),然后在每個孔中額外加入 150 μL 生長培養基(共 250 μL)并將板轉移至標準細胞培養箱。
- 細胞貼壁后,向每個孔加入 150 μL 生長培養基,使每個孔的培養基總體積達到 250 μL。向孔中添加培養基時,由一側緩慢加入,以免干擾新貼壁細胞。
- 將細胞置于細胞培養箱中培養過夜。用顯微鏡觀察細胞的生長和健康狀況。
2.4.2 XF HS 迷你板
- 對于細胞接種密度優化實驗,根據上述標準或快速工作流程,選擇 2–4 個細胞密度進行測試。可選擇上述參考文獻中的范圍,也可接種建議的細胞/孔數值 (1X) 加 0.5X、2X 和 4X 細胞/孔。
- 從藍色盒子中取出三包迷你板。
- 揭下密封箔,待用。
- 在細胞培養孔周圍的水槽中加入無菌水或 PBS。將 8 通道移液器設為 200 μL,填充水槽兩側(每個腔室容納兩個吸頭)。如果沒有多通道移液器,向水槽的每個腔室加入 400 μL 無菌水或 PBS(共 3200 μL)。
- 向 A 孔和 H 孔中加入 30 μL 生長培養基(不含細胞),作為背景校正孔。
- 收集細胞并在溫熱的生長培養基中重懸,使其達到所需濃度。示例請參閱表格,如果 XF HS 迷你板需要 3.0 × 103 細胞/孔,用適當體積重懸細胞,得到 3.0 × 103 細胞/30 μL/孔或 1.0 × 105 細胞/mL。
孔板類型 | 最終貼壁細胞接種體積 | 最終接種密度(僅示例) | 換算為 mL |
---|---|---|---|
XF HS 迷你板/ XF HS PDL 迷你板 |
30 μL | 3.0 × 103 細胞/30 μL | 1.0 × 105 細胞/mL |
- 向各孔內的環狀元件中接種 30 μL 細胞懸液。建議在 XF HS 迷你板中一次接種一個孔的細胞(移液吸頭必須伸入孔底部,用力適中且均勻、平穩地往下按推桿,以確保將細胞懸液順利排出)。請勿在背景孔 A 和 H 中加入細胞。如果孔底有氣泡,可將板以 200 × g 離心 1–2 分鐘來去除氣泡。
- 重要提示:在室溫下將板在組織培養罩中放置一小時1。這一過程可以促進細胞分布,減少某些細胞類型的邊緣效應。用顯微鏡觀察貼壁情況。
- 將細胞置于細胞培養箱中培養過夜。用顯微鏡觀察細胞的生長和健康狀況。
2.5 準備 XFp PDL 或 XF HS PDL 迷你板(僅適用于懸浮細胞)
使用 XF 技術分析非貼壁細胞(如 T 細胞、白血病細胞系等)需要將細胞固定在孔底,這可以通過在每個孔底包被多聚 D-賴氨酸 (PDL) 來實現。安捷倫提供即用型 PDL 包被的 XFp 和 XF HS 迷你板。它們已經過驗證并推薦用于 T 細胞。在接種細胞前,將即用型 PDL 板在 37 °C 無 CO2 培養箱中預熱過夜(至少 6 小時)。
XF 定量分析前一日 提前準備 XFp PDL 或 HS PDL 小形板- 取出 XFp PDL 或 XF HS PDL 迷你板,揭下待使用板的密封箔。
- 將板放入無加濕、無 CO2 培養箱中 37 °C 過夜。
注:XFp PDL 和 XF PDL HS 迷你板與 Agilent XFp 迷你板托盤(部件號 103057-100)兼容。
接種懸浮細胞通常在 XF 分析當天進行,查看第 3.2 節中關于接種懸浮細胞的說明。
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更改儀器類型3. 設置 XF 分析
本部分重點介紹進行 XFp 分析當天所需要的技術,包括檢測液制備。接種非貼壁細胞并在 XFp 探針板加藥口加載加樣溶液。
會選擇工作任務程序布驟以提示 輔助方式。3.1 準備探針板和檢測液
準備探針板
- 從培養箱中取出裝有校準液的錐形管和帶有水化板的組裝傳感器探針板。
- 將探針板倒置于水化板旁邊。
- 倒出并棄去水化板中的水。
- 向水化板的每個孔中加入 200 μL 預熱的 XF 校準液。
- 向孔周圍的每個水槽填充 400 μL XF 校準液。
- 將傳感器探針板置于水化板上,使探針浸入校準液中。
- 在探針板的加藥口加樣之前,將帶水化板的組裝傳感器探針板放入無 CO2 培養箱中,37 °C 下放置 45–60 分鐘。
- 從培養箱中取出帶水化輔助板和水化板的組裝傳感器探針板。
- 將探針板倒置于水化板旁邊。
- 取出并丟棄水化輔助板。
- 將傳感器探針板置于水化板上,使探針浸入校準液中。
- 將帶水化板的組裝傳感器探針板放回無 CO2 的 37 °C 培養箱中,直到在傳感器探針板的加藥口加樣。
將帶水化板的組裝傳感器探針板放入無 CO2 的 37 °C 培養箱中培養,直到在傳感器探針板的加藥口加樣。
配制 XF 檢測液
Seahorse 研究分析可以單一的檢側液以實現目標最準確、不穩的代謝率靈活性模塊測試。安捷倫提供的即用型低緩沖培養基 pH 預調節至 7.4 并含有兼容補充劑,可簡化實驗準備過程并提供一致性的實驗條件。查看關于這款即用型 XF 檢測液系統的訂購信息或下載檢測液選擇指南。
或者,研究人員可以使用與所用檢測試劑盒匹配的一種成分配制檢測液。所有成分均可使用一種安捷倫 Seahorse XF 培養基制備,根據具體實驗設計添加不同底物/緩沖液,以下示例是 Seahorse XF 及時 ATP 波特率測定法神經細胞能量轉換產生表型測試英文。
備制接下來 XF 檢查液與 Seahorse XF 24小時 ATP 傳輸速率判斷化學試劑盒在一塊便用。研究人員應使用與所用檢測試劑盒匹配的一種成分配制 XF 檢測液。所有成分均可使用一種安捷倫 Seahorse XF 培養基制備,根據具體實驗設計添加不同底物/緩沖液,以下示例是 Seahorse XF 隨時 ATP 帶寬檢測法化學制劑盒體細胞電能代謝率表型測驗。
制作下面的 XF 檢則液,使用在血細胞激光能量排泄表型軟件測試。安捷倫試劑/安捷倫部件號 | 最終濃度 | 體積 | |||
---|---|---|---|---|---|
Seahorse XF DMEM 培養基,pH 7.4a, b/103575-100 或 Seahorse XF RPMI 培養基,pH 7.4a, b/103576-100 |
XF 基礎培養基(不含酚紅)a, b/103335-100 或 XF RPMI(不含酚紅)a, b/103336-100 |
Seahorse XF DMEM 培養基a, b/103575-100 或 Seahorse XF RPMI 培養基a, b/103576-100 | - | 97.0 mL | 9.70 mL |
Seahorse XF 葡萄糖(1.0 M 溶液)/103577-100 | 10 mM | 10 μL | 10 mM | 1.0 mL | 100 μL |
Seahorse XF 丙酮酸鈉(100 mM 溶液)/103578-100 | 1 mM | 1.0 mL | 100 μL | ||
Seahorse XF L-谷氨酰胺(200 mM 溶液)/103579-100 | 2 mM | 1.0 mL | 100 μL | ||
a XF DMEM 和 RPMI 培訓基 (pH 7.4) 的 pH 值根據預改善,在使用 XF 補劑后就不需要改善 pH。請參閱如下提純的辦法。Seahorse XF DMEM 陪養基 (pH 7.4) 和 RPMI 陪養基 (pH 7.4) 與 XF24 解析儀不兼容。 b 使用其他類型的 XF 培養基制備 使用其他類型的 XF 培養基制備 使用其他類型的 XF 培養基制備 使用其他類型的 XF 培養基制備 使用其他類型的 XF 培養基制備。 |
制備 XF DMEM 培養基 pH 7.4 或 XF RPMI 培養基 pH 7.4 的基本流程
制備 XF 基礎培養基(不含酚紅)或 XF RPMI(不含酚紅)的基本流程
需要的產品:- 37 °C 水浴
- 已校準的 pH 計
- 攪拌盤
- 無菌濾瓶(0.22 μm 濾膜)和蓋子
- 1.0 N NaOH 溶液
- 便捷性:與推薦的安捷倫 Seahorse XF 補充劑共同使用時,無需調節最終 pH 值。
- 一致性:低濃度 HEPES 緩沖液(5 mM,DMEM;1 mM,RPMI)可獲得更為一致的 XF 數據。
- 定量:使用具有固定緩沖容量的檢測液,可以定量測定質子釋放率 (PER)。
- 將無菌瓶中適當體積的 XF DMEM 培養基 pH 7.4 或 XF RPMI 培養基 pH 7.4 加熱至 37 °C。一般而言,一塊板需要用 100 mL。
- 將無菌瓶中適當體積的 XF 基礎培養基(不含酚紅)或 XF RPMI(不含酚紅)加熱至 37 °C。一般而言,一塊 XF24 板需要用 100 mL。
- 添加上文表格中提到的適當體積的 Seahorse XF 補充劑(XF 葡萄糖溶液、XF 丙酮酸鈉溶液和 XF L-谷氨酰胺溶液)。
- 用 1 N NaOH 將 pH 值調節至 7.4。注:添加 NaOH 后 pH 值將很快發生變化,調節 pH 值時應少量緩慢添加。
- 用 0.2 μm 濾膜對檢測液進行滅菌。
- 將最終 XF 檢測液于 37 °C 下培養,待用
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參考資料
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
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瀏覽網頁便用安捷倫人體細胞具體分析統計資料的出版發行物的完好文件列表。
3.2 清洗細胞
清洗預防接種在 XFp 迷你型板上的貼壁細胞的基本流程
注:要清洗 XF HS 迷你板或 XF HS PDL 迷你板內的貼壁細胞,請按下文相關支持材料中的說明操作。
對于 XFp HS Mini 分析之前至少一天接種的貼壁細胞:
- 從 CO2 培養箱中取出細胞培養迷你型板。
- 在顯微鏡下觀察細胞:
- 確定細胞健康狀況、形態、接種均勻度和純度(無污染)。
- 確保細胞貼壁,呈均勻單層分布。
- 確保背景校正孔中無細胞。
- 用完好判斷液沖洗 XF 實時 ATP 速率測定檢測液清洗一天貼壁細胞:
- 去除多余檢測液,使每孔剩余 20 μL 培養基。剩下少量培養基,以免細胞變干。
- 緩慢加入 200 μL 檢測液。
- 在分析之前,將板置于無 CO2 的培養箱中,37 °C 下培養 1 小時。
- 去除多余檢測液,使每孔剩余 50 μL 培養基。剩下少量培養基,以免細胞變干。
- 緩慢加入 1 mL 檢測液。
- 在分析之前,將板置于無 CO2 的培養箱中,37°C 下培養 1 小時。
- 重復步驟 b,去除檢測液,保留 50 μL(如步驟 a 所述)。
- 添加 450 μL 檢測液(總體積 500 μL)用于 24 孔平臺儀器。
- 在開始分析之前,用 XF 實時 ATP 速率測定檢測液多次洗滌血細胞:去除檢測液,使剩余 50 μL,并添加新鮮檢測液至終體積 500 μL。在顯微鏡下觀察細胞以確保細胞不被干擾或沖走。
- 在開始分析之前,用 XF 實時 ATP 速率測定檢測液第三步擦洗上皮細胞:去除檢測液,使剩余 20 μL,并添加新鮮檢測液至終體積 180 μL。在顯微鏡下觀察細胞以確保細胞不被干擾或沖走。
- 在顯微鏡下觀察實驗孔,確保細胞未被沖走。
- 在分析之前,將板置于無 CO2 的培養箱中,37 °C 下培養 1 小時。
3.2 接種懸浮細胞
在 XF HS PDL mini板和 XFp PDL mini板上接種懸浮細胞的基本流程
注:有關在 XF HS PDL 迷你板中接種懸浮細胞的更多信息,請按下文相關支持材料中的說明操作。
浮懸組織的最合適的組織黏度計算公式依賴于于組織大小不一。常常環境下,最合適的組織黏度計算公式應能組織在孔中呈雙層結構地域分布點,相融合度為 70%–90%。明顯改進措施在顯微鏡觀察下檢測組織地域分布點環境,以事關(1)組織互相有沒有有充足的地方以事關所有組織與包被漆層一致碰觸,(2)事關組織簇極為少。這樣育苗黏度計算公式多于最合適的黏度計算公式,或這樣組織成簇,會致使組織潤濕性不高,因而致使效率測試不更準確。- 對于細胞培養微孔板,將適當體積的細胞懸液從生長管轉移到錐形管中。
- 對于 XFp 迷你板、XF HS 迷你板或 XF HS PDL 迷你板,將適當體積的細胞懸液從生長管轉移到錐形管中。
- 計算 Seahorse XFe96 所需的細胞總數時,將每個孔所需的細胞數乘以 100 孔。(例如,150000 細胞/孔 × 100 孔 = 1.5 × 107 個細胞)。
- 計算 Seahorse 所需的細胞總數時,將每個孔所需的細胞數乘以 10 孔。(例如,150000 細胞/孔 × 10 孔 = 1.5 × 106 個細胞)。
- 在室溫下以 200 × g 離心細胞 5 分鐘。
- 離心細胞時,向預熱的 PDL 包被的 Seahorse XF96 細胞培養微孔板或 Cell-Tak 包被的 Seahorse XF96 細胞培養板的背景/對照孔中加入 50 μL 檢測液。
- 離心細胞時,向預熱的 PDL 包被的 Seahorse XFp 細胞培養微孔板或 Cell-Tak 包被的 Seahorse XFp 細胞培養板的背景/校正孔(A 和 H)中加入 50 μL 檢測液。
- 從離心的錐形管中棄去上清液。
- 用預熱的檢測液重懸細胞,以獲得 50 μL 檢測液所需的每孔細胞濃度。(例如,需要 1.5 × 105 細胞/孔,用適當體積重懸細胞,得到 1.5 × 105 細胞/50 μL 或 3.0 × 106 細胞/mL)。
- 將離心機設置更改為零制動。
- 將細胞懸液轉移到無菌組織培養槽中,或直接從錐形管中移取。
- 沿每孔的一側加入 50 μL 細胞懸液,背景/對照孔除外。建議使用多通道移液器。
- 將迷你微孔板置于 XFp 托盤上,以 300 × g 離心 1 分鐘,無制動。該托盤可容納 3 個迷你微孔板,適用于標準離心機微孔板適配器。確保離心機轉子經適當平衡。
- 離心后,目測確認細胞在孔底的貼壁情況。
- 以 200 × g(零制動)離心細胞 1 分鐘。確保離心機經適當平衡。
- 注意不要擾亂底部的細胞,輕輕向每孔中加入 130 μL 檢測液至所需的初始檢測體積 (180 μL)。
- 在細胞培養孔周圍的水槽中加入無菌水或 PBS,每腔室 100 μL。將 8 通道移液器(如有)設為 50 μL,每個腔室用兩個吸頭填充水槽兩側。如果沒有多通道移液器,向水槽的每個腔室分別加入 100 μL 無菌水或 PBS(共 800 μL)。
- 將板轉移至未補充 CO2 的培養箱中,37 °C 下培養 25–30 分鐘,確保細胞完全貼壁。目測確認多數細胞穩定附著在培養板表面。
- 沿每個孔的一側緩慢加入 130 μL 預熱的檢測液。注意不要擾亂細胞。
- 在顯微鏡下觀察細胞,確保細胞貼壁。
- 將細胞板放回培養箱中培養 15–25 分鐘。
- 15–25 分后,組織細胞板只能適用于解析。為獲得理想結果,離心后的總時間不超過 1 小時。
- 對于 Seahorse XF24 細胞培養微孔板,將適當體積的細胞懸液從生長管轉移到錐形管中。
- 計算 Seahorse XF24 所需的細胞總數時,將每個孔所需的細胞數乘以 25 孔。(例如,150000 細胞/孔 × 25 孔 = 3.75 × 106 個細胞)。
- 在室溫下以 200 × g 離心細胞 5 分鐘。
- 離心細胞時,向室溫下 Cell-Tak 包被的 Seahorse XF24 細胞培養板的背景/對照孔中加入 100 μL 檢測液。
- 從離心的錐形管中棄去上清液。
- 用預熱的檢測液重懸細胞,以獲得 100 μL 檢測液所需的每孔細胞濃度。(例如,需要 1.5 × 105 細胞/孔,用適當體積重懸細胞,得到 1.5 × 105 細胞/100 μL 或 1.5 × 106 細胞/mL)。
- 將離心機設置更改為零制動。
- 將細胞懸液轉移到無菌組織培養槽中,或直接從錐形管中移取。
- 沿每孔的一側加入 100 μL 細胞懸液,背景/對照孔除外。安捷倫建議使用多通道移液器。
- 以 200 × g(零制動)離心細胞 1 分鐘。確保離心機經適當平衡。相對于 XFp 剖析儀用戶組,安捷倫改進措施安全使用安捷倫 Seahorse XFp 木質托盤離心力 Seahorse XFp 生殖上皮體細胞的培養計劃迷你型納米纖維板。如需詢問全面數據信息,請參閱關鍵步奏:在 XFp 生殖上皮體細胞的培養計劃納米纖維板中打疫苗懸屏生殖上皮體細胞。
- 將板轉移至未補充 CO2 的培養箱中,37 °C 下培養 25–30 分鐘,確保細胞完全貼壁。目測確認多數細胞穩定附著在培養板表面。
- 沿每個孔的一側緩慢加入 400 μL 預熱的檢測液。注意不要擾亂細胞。
- 在顯微鏡下觀察細胞,確保細胞貼壁。
- 將細胞板放回培養箱中培養 15–25 分鐘。
- 15–25 分鐘后,細胞板即可用于分析。為獲得理想結果,離心后的總時間不超過 1 小時。
相關支持材料
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- 清洗安捷倫 Seahorse XF96 細胞培養微孔板中的貼壁細胞
- 清洗安捷倫 Seahorse XF24 細胞培養微孔板中的貼壁細胞
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- 用 Cell-Tak 固定非貼壁細胞后,在安捷倫 Seahorse XFe24/XF24 分析儀上進行分析
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- 細胞表征:XFe24 分析儀和 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定
- 細胞表征:XFp 分析儀和 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定
- 細胞表征:XF HS Mini 分析儀和 XF 實時 ATP 速率測定
- 細胞表征:采用 XF HS Mini 分析儀、HS 迷你板進行 XF 實時 ATP 速率測定
參考資料
3.2.1 XFp PDL 迷你板
- 從無 CO2 37 °C 培養箱(未控制濕度)中取出 XFp PDL 迷你板。
- 在細胞培養孔周圍的水槽中加入無菌水或 PBS,每腔室 400 μL。將 8 通道移液器(如有)設為 200 μL,每個腔室用兩個吸頭填充水槽兩側。如果沒有多通道移液器,向水槽的每個腔室分別加入 400 μL 無菌水或 PBS(共 3200 μL)。
- 確定所需接種濃度。懸浮細胞的最佳細胞密度取決于細胞大小。對于 XFp PDL 迷你板,接種數量通常為 5 × 104 到 2 × 105 細胞/孔。
- 將每個孔所需的細胞數乘以 10 孔,計算每塊迷你板所需的細胞總數(例如,150000 細胞/孔 × 10 個孔 = 1.5 × 106 個細胞)。然后將適當體積的細胞懸液從生長管轉移到錐形管中。
- 在室溫下以 200 × g 離心細胞 5 分鐘。然后從離心的錐形管中棄去上清液,并用預熱的檢測液重懸細胞至所需濃度。例如,如需要 1.5 × 105 細胞/孔,用適當體積重懸細胞,以得到 1.5 × 105 細胞/50 μL/孔或 1.0 × 106 細胞/mL。
- 向背景孔(A 和 H)中添加 50 μL 檢測液。
- 將離心機設置更改為零制動。
- 將細胞懸液轉移到無菌組織培養槽中,或直接從錐形管中移取。
- 沿每孔的一側加入 50 μL 細胞懸液,背景/對照孔(A 和 H)除外。建議使用多通道移液器。
- 向板中加入細胞或檢測液后,孔底部可能形成氣泡。這些氣泡也許能夠通過離心去除。
- 將迷你板置于 XFp 托盤上,以 200 × g 離心 1 分鐘,使細胞附著在孔底。該托盤可容納 3 個迷你板,適用于標準離心機微孔板適配器。確保離心機轉子經適當平衡。
- 離心后,目測確認細胞在孔底的貼壁情況。
- 輕輕向每孔中加入 130 μL 檢測液至所需的初始檢測體積 (180 μL)。
- 使用前,將細胞板置于無 CO2 培養箱中,37 °C 下培養 45–60 分鐘。目測確認多數細胞穩定附著在培養板表面。
- 為獲得理想結果,離心后的總時間不超過 1 小時。
- 前往第 3.4 節
3.2.2 XF HS PDL 迷你板
- 從無 CO2 37 °C 培養箱(未控制濕度)中取出 XF HS PDL 迷你板。
- 在細胞培養孔周圍的水槽中加入無菌水或 PBS,每腔室 400 μL。將 8 通道移液器(如有)設為 200 μL,每個腔室用兩個吸頭填充水槽兩側。如果沒有多通道移液器,向水槽的每個腔室分別加入 400 μL 無菌水或 PBS(共 3200 μL)。
- 確定所需接種濃度。懸浮細胞的最佳細胞密度取決于細胞大小。對于 XF HS PDL 迷你板,接種數量通常為 2.0 × 104 到 7.0 × 104 細胞/孔。
- 將每個孔所需的細胞數乘以 10 孔,計算每塊迷你板所需的細胞總數(例如,150000 細胞/孔 × 10 個孔 = 1.5 × 106 個細胞)。然后將適當體積的細胞懸液從生長管轉移到錐形管中。
- 在室溫下以 200 × g 離心細胞 5 分鐘。然后從離心的錐形管中棄去上清液,并用預熱的檢測液重懸細胞至所需濃度。例如,如需要 3 × 104 細胞/孔,用適當體積重懸細胞,以得到 3 × 104 細胞/30 μL/孔 或 1.0 × 106 細胞/mL。
- 向背景孔(A 和 H)中添加 30 μL 檢測液。
- 將離心機設置更改為零制動。
- 將細胞懸液轉移到無菌組織培養槽中,或直接從錐形管中移取。
- 向各孔內的環狀元件中添加 30 μL 細胞懸液。建議使用 200 μL(或更小)的移液吸頭,一次接種一個孔的細胞。移液吸頭必須伸入孔底部以確保正確排液。請勿在背景孔 A 和 H 中加入細胞。
- 向板中加入細胞或檢測液后,孔底部可能形成氣泡。這些氣泡也許能夠通過離心去除。
- 將迷你板置于 XFp 托盤上,以 200 × g 離心 1 分鐘,使細胞附著在孔底。該托盤可容納 3 個迷你板,適用于標準離心機微孔板適配器。確保離心機轉子經適當平衡。
- 離心后,目測確認細胞在孔底的貼壁情況。
- 使用遮罩拆卸工具小心取下硅膠遮罩:
- 一只手拿板,平放在實驗臺或工作臺上。另一只手將工具插入板頂部和遮罩之間。
- 插入拆卸工具時,其尖頭應與板的頂部保持平行。
- 請勿來回撬動以使工具插入更深,這一操作將產生吸力,并可能會干擾細胞層。
- 目標是一次性同時取下所有孔的遮罩。
- 工具完全插入時,撬動取下遮罩。
- 遮罩不會固定在尖頭上,遮罩與板開始分離后,請用手指將遮罩固定在工具上,防止其掉落到板上。
- 板遮罩取下后請丟棄。
注:在取下硅膠遮罩的同時也會帶出檢測液。每個孔中將剩余 20 μL 左右的檢測液。如果剩余量不一致,則僅需從孔的外環區域小心吸出,注意不要接觸環內的細胞。請務必留下一些檢測液來覆蓋細胞。每個孔總體積的微小差異不會影響 OCR 或 ECAR,但加樣試劑的最終濃度可能會受到影響。
- 輕輕向每孔中加入 160 μL 檢測液至所需的初始檢測體積 (180 μL)。
- 使用前,將細胞板置于無 CO2 培養箱中,37 °C 下培養 45–60 分鐘。目測確認多數細胞穩定附著在培養板表面。
- 為獲得理想結果,離心后的總時間不超過 1 小時。
- 前往第 3.4 節
3.3 清洗貼壁細胞的基本流程
3.3.1 清洗 XFp 迷你板中的貼壁細胞
來說 XF HS Mini 深入分析以后少于一日育苗的貼壁受損細胞:- 從 CO2 培養箱中取出細胞培養迷你板。
- 在顯微鏡下觀察細胞:
- 確定細胞健康狀況、形態、接種均勻度和純度(無污染)。
- 確保細胞貼壁,呈均勻單層分布。
- 確保背景校正孔中無細胞。
- 用 XF 檢測液清洗細胞:
- 去除多余檢測液,使每孔剩余 20 μL 培養基。剩下少量培養基,以免細胞變干。
- 緩慢加入 200 μL 檢測液。
- 在分析之前,將板置于無 CO2 的培養箱中,37 °C 下培養 1 小時。
- 在開始分析之前,用 XF 實時 ATP 速率測定檢測液再次清洗細胞:去除檢測液,使剩余 20 μL,并添加新鮮檢測液至終體積 180 μL。在顯微鏡下觀察細胞以確保細胞不被干擾或沖走。
3.3.2 清洗 XF HS 迷你板中的貼壁細胞
談談 XF HS Mini 介紹之后不少兩天注射的貼壁人體細胞:- 從 CO2 培養箱中取出細胞培養迷你板。
- 在顯微鏡下觀察細胞:
- 確定細胞健康狀況、形態、接種均勻度和純度(無污染)。
- 確保細胞貼壁,呈均勻單層分布
- 確保背景校正孔中無細胞
- 在 XF 分析之前,使用遮罩拆卸工具取下硅膠遮罩:
- 一只手拿板,平放在實驗臺或工作臺上。然后,另一只手將工具插入板頂部和遮罩之間。
- 插入拆卸工具時,其尖頭應與板的頂部保持平行。
- 請勿來回撬動以使工具插入更深,這一操作將產生吸力,并可能會干擾細胞層。
- 目標是一次性同時取下所有孔的遮罩。
- 工具完全插入時,撬動取下遮罩。
- 遮罩不會固定在尖頭上,遮罩與板開始分離后,請用手指將遮罩固定在工具上,防止其掉落到板上。
- 板遮罩取下后請丟棄。
注:在取下硅膠遮罩的同時也會帶出檢測液。每個孔中將剩余 20 μL 左右的檢測液。如果剩余量不一致,則僅需從孔的外環區域小心吸出,注意不要接觸環內的細胞。請務必留下一些檢測液來覆蓋細胞。每個孔總體積的微小差異不會影響 OCR 或 ECAR,但加樣試劑的最終濃度可能會受到影響。
- 用 XF 檢測液清洗細胞:
- 緩慢加入 200 μL 檢測液,然后從每個孔中去除檢測液,僅剩余 20 μL,然后重復清洗過程。
- 最后,加入檢測液(約 160 μL),以達到 180 μL/孔的起始體積。
- 清洗完成后觀察細胞層以確保細胞未被干擾或沖走。在進行分析之前,將清洗過的細胞板置于無 CO2 培養箱中,在 37 °C 下孵育 60 分鐘。
3.3 配制溶液
3.4 配制溶液
安捷倫 Seahorse 概述儀的的關鍵所在性能特點是它并能在概述時中對實驗試劑加樣并實時公交看最終。排出來復制到檢測設備前已上樣至測試探針板加量口的懸濁液,可控制這一個時。 要是用內部激光能量新陳代謝表型定量分析來內部高密度和/或 FCCP 滴定的原始內部表現,則按表指出準備加樣液體。 如果你運用 Seahorse XFp 實時視頻 ATP 傳送速度判斷使用神經細胞系黏度的起始神經細胞系定性分析,則單擊表所講備制加樣懸濁液。 這樣應用 Seahorse XF 實時的 ATP 波特率判斷開展血體細胞容重的原始血體細胞定量分析,則單擊表上述一系列的制法加樣溶劑。細胞密度滴定檢測溶液配制
FCCP 濃度滴定檢測溶液配制
- 從 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定試劑盒中取出一個試劑包,取出兩個樣品管(寡霉素和魚藤酮 + 抗霉素 A)。
- 從 Seahorse XF 細胞能量代謝表型測試試劑盒中取出一個試劑包,取出兩個樣品管(寡霉素和 FCCP)。
- 使用移液器,利用配制的檢測液重懸每管的內容物,體積如下表所述。蓋上管蓋,渦旋混合 1 分鐘使化合物溶解。
Seahorse XF 實時 ATP 速率測定試劑盒的重懸體積 | ||||
---|---|---|---|---|
化合物 | XF 檢測液體積 | 最終儲備液濃度 | ||
寡霉素 | 420 μL | 168 μL | 150 μM | 75 μM |
魚藤酮 + 抗霉素 A | 540 μL | 216 μL | 50 μM | 25 μM |
XF 細胞能量代謝表型測試試劑盒的重懸體積 | ||
---|---|---|
XF 細胞能量代謝表型測試試劑盒組成 | XF 檢測液體積 (μL) | 最終儲備液濃度 (μM) |
寡霉素 | 630 | 100 |
FCCP | 720 | 100 |
- 如下表所述,通過合并適當體積的 XF 檢測液、寡霉素儲備液和魚藤酮/抗霉素 A 儲備液制備 3.0 mL 每種加樣溶液。
- 如下表所述,使用 15 mL 錐形管,通過合并適當體積的 XF 檢測液、寡霉素儲備液和 FCCP 儲備液制備 3.0 mL 加樣溶液。
- 如下表所述,通過合并適當體積的 XF 檢測液、寡霉素儲備液和魚藤酮/抗霉素 A 儲備液制備 300 μL 每種加樣溶液。
XF 實時 ATP 速率測定試劑盒的稀釋體積 — 細胞表征 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
加藥口和化合物 | 儲備液體積 | XF 檢測液體積 | 10X [加藥口] | [細胞孔] | ||
加藥口 A 寡霉素 | 300 μL | 60 μL | 2700 μL | 240 μL | 15 μM | 1.5 μM |
加藥口 B 魚藤酮 + 抗霉素 A | 300 μL | 60 μL | 2700 μL | 240 μL | 5 μM | 0.5 μM |
XF 細胞能量代謝表型測試試劑盒的稀釋體積 — XFe24/XF24 細胞接種密度滴定 | |||||
---|---|---|---|---|---|
孔內的最終 FCCP 濃度 | 檢測液體積 (μL) | 寡霉素儲備液體積 (μL) | FCCP 儲備液體積 (μL) | 10X 最終寡霉素(加藥口)濃度 (μM) | 10X 最終 FCCP(加藥口)濃度 (μM) |
0.25 | 875 | 100 | 25 | 10 | 2.5 |
0.5 | 850 | 100 | 50 | 10 | 5.0 |
1.0 | 800 | 100 | 100 | 10 | 10 |
2.0 | 700 | 100 | 200 | 10 | 20 |
如果進行不同類型的 XFp HS Mini 分析,查閱相應 XFp HS Mini 試劑盒用戶指南了解相應的加樣溶液制備說明。
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參考資料
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- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
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3.4 加載加樣溶液
3.5 加載加樣溶液
注意:對于這些實驗設計,僅使用 A 和 B 加藥口。
傳感器探針板加藥口布局
- 從無 CO2 培養箱中取出水化探針板。
- 定位安捷倫 Seahorse XF 分析探針板。將行標簽(標有字母 A–H)放在左邊。三角形缺口在左下角。
- 定位安捷倫 Seahorse XF 分析探針板。將行標簽(標有字母 A–D)放在左邊。三角形缺口在左下角。
- 定位安捷倫 Seahorse XFp 分析探針板。將孔標簽(標有字母 A–H)放在左邊。三角形缺口在左下角。
- 使用量程為 100 或 200 μL 的(多通道)移液器,確保吸頭牢固安裝在移液器上,將移液吸頭(填充加樣化合物)放入目標加藥口中,使吸頭略微傾斜一定角度 (< 5°)。請勿用強力將吸頭完全插入孔中。
- 將 A/D 上樣導軌平面置于分析探針板頂部。定位上樣導軌,使字母 A 位于左上角。上樣時用指尖捏住上樣導軌的外緣使之保持穩定,從而使移液吸頭不會移動上樣導軌。
- 使用 10–100 μL 多通道移液器,確保吸頭牢固安裝在移液器上。將移液吸頭(填充加樣化合物)放入上樣導軌的目標列中,使吸頭略微傾斜一定角度。在無阻力的前提下,將吸頭盡可能插入孔中并排出化合物。請勿用強力將吸頭完全插入孔中。
- 使吸頭保持 45° 角。將吸頭一半放入加藥口,吸頭的斜角抵在加藥口的另一面。
- 請勿將吸頭完全插入加藥口底部,否則可能會導致化合物通過加藥口泄漏。
- 根據如下所示的板/組布局,緩慢地向加藥口排出 20 μL 的適當加樣溶液。在整個操作過程中,小心從加藥口移走吸頭,使上樣導軌保持穩定。避免產生氣泡。請勿敲擊探針板的任何部位試圖縮小氣泡。敲擊可能使溶液從加藥口泄漏。
- 按所進行的分析,根據如下所示的板/組布局,緩慢地向加藥口排出 55 μL 適當加樣溶液。小心從加藥口移走吸頭。避免產生氣泡,請勿敲擊探針板的任何部位試圖縮小氣泡。敲擊可能使溶液從加藥口泄漏。
- 根據如下所示的板/組布局,緩慢地向加藥口排出 20 μL 適當上樣溶液。在整個操作過程中,小心從加藥口移走吸頭,使探針板保持穩定。避免產生氣泡。請勿敲擊探針板的任何部位試圖縮小氣泡。敲擊可能使溶液從加藥口泄漏。
- 取下 A/D 加藥口上樣導軌,并換上 B/C 加藥口上樣導軌,使“B”在左上角。使用 22 μL 加樣溶液重復上述步驟為加藥口 B 上樣。
- 使用 62 μL 加樣溶液重復上述步驟為加藥口 B 上樣。
- 使用 22 μL 加樣溶液重復上述步驟為加藥口 B 上樣。
- 目測加藥口加樣是否均勻。液體應在加藥口中,確保探針板頂端無殘余液滴。
用于細胞密度滴定分析的加藥口加樣
XF 實時 ATP 速率測定試劑盒的加藥口和體積 — 細胞表征 | ||||
---|---|---|---|---|
加藥口和化合物 | 體積 | 10X [加藥口] | [細胞孔] | |
加藥口 A 寡霉素 | 20 μL | 55 μL | 15 μM | 1.5 μM |
加藥口 B 魚藤酮 + 抗霉素 A | 22 μL | 62 μL | 5 μM | 0.5 μM |
孔內最終濃度 (μM) | FCCP 組 | 孔 | 加藥口/體積 (μL) |
---|---|---|---|
寡霉素/FCCP 1.0/1.0 | 1.0 μM | A1–D6(所有) | A/55 |
用于 FCCP 濃度滴定分析的加藥口加樣
如何做各種品類的 XF 講解,請參閱相關聯的 XF 微生物培養基盒移動用戶手冊和以下闡述,要了解多條加樣懸濁液的上樣技術。- 定位安捷倫 Seahorse XF 分析探針板。將行標簽(標有字母 A–H)放在左邊。三角形缺口在左下角。
- 定位安捷倫 Seahorse XF 分析探針板。將行標簽(標有字母 A–D)放在左邊。三角形缺口在左下角。
- 定位安捷倫 Seahorse XF 分析探針板。將行標簽(標有字母 A–D)放在左邊。三角形缺口在左下角。
- 將 A/D 上樣導軌平面置于分析探針板頂部。定位上樣導軌,使字母 A 位于左上角。上樣時用指尖捏住上樣導軌的外緣使之保持穩定,從而使移液吸頭不會移動上樣導軌。
- 使用量程為 10–100 μL 的多通道移液器,確保吸頭牢固安裝在移液器上。將移液吸頭(填充加樣化合物)放入上樣導軌的目標列中,使吸頭略微傾斜一定角度。在無阻力的前提下,將吸頭盡可能插入孔中并排出化合物。請勿用強力將吸頭完全插入孔中。
- 使用多通道移液器,確保吸頭牢固安裝在移液器上。將移液吸頭(填充加樣化合物)傾斜 45°。將吸頭一半放入加藥口,吸頭的斜角抵在加藥口的另一面。
- 請勿將吸頭完全插入加藥口底部,否則可能會導致化合物通過加藥口泄漏。
- 緩慢向加藥口中排出化合物。小心從加藥口移走吸頭,在大部分操作方法流程中,使上樣導軌提高穩定的。
- 緩慢向加藥口中排出化合物。小心從加藥口移走吸頭,在全部控制的時候中,使上樣導軌持續穩固。
- 避免產生氣泡,請勿敲擊探針板的任何部位試圖縮小氣泡。敲擊可能使溶液從加藥口泄漏。
- 切換到 B/C 上樣導軌。將字母 B 定位在左上角。使用合適的上樣導軌,對 B、C、D 加藥口重復步驟 3–5 所述的上樣過程。取下并丟棄上樣導軌。
- 對 B、C、D 加藥口重復上述步驟的上樣過程。
- 目測加藥口加樣是否均勻。液體應在加藥口中,確保探針板頂端無殘余液滴。
加樣基本信息和指南
- 推薦加樣體積為 20–30 μL。
- 推薦加樣體積為 50–100 μL。
- 加樣后實現 10 倍稀釋的推薦加樣溶液體積,每個微孔板孔中已有 180 μL 檢測液:
- 加藥口 A:20 μL
- 加藥口 B:22 μL
- 加藥口 C:25 μL
- 加藥口 D:28 μL
- 加樣后實現 10 倍稀釋的推薦加樣溶液體積,每個微孔板孔中已有 500 μL 檢測液:
- 加藥口 A:55 μL
- 加藥口 B:62 μL
- 加藥口 C:69 μL
- 加藥口 D:75 μL
- 根據實驗設計選擇加藥口的組成、順序和數量。
- 探針板上樣時不建議使用自動移液器,因為可能使加樣溶液從加藥口泄漏。
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- 細胞表征:采用 XF HS Mini 分析儀、HS 迷你板進行 XF 實時 ATP 速率測定
參考資料
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 分析指南和模板
- 安捷倫 Seahorse 模板
- 安捷倫細胞分析出版物數據庫
瀏覽器應用安捷倫細胞研究數據統計的出版商物的完整性文件列表。
僅顯示 Seahorse 的信息
更改儀器類型4. 運行 XF 分析
重要事項 — 在開始 XF 分析之前
- 目測加藥口加樣是否均勻。液體應在加藥口中,確保傳感器探針板頂端無殘余液滴。
- 在顯微鏡下觀察細胞:
- 確定細胞健康狀況、形態、接種均勻度和純度(無污染)。
- 對于貼壁生殖細胞,確保細胞貼壁形成均勻單層,清洗步驟中不會被沖走。
- 對于浮窗細胞膜,確保細胞在離心、清洗和培養后穩定附著。
- 確保背景孔不含有細胞。
運行分析的流程
- 進入 XFe 分析儀,確保其通電并連接到 XFe 控制器(計算機)。您可以在 Wave Controller 軟件左下角的小組件面板中確認儀器連接狀態。
- 從 Templates(模板)視圖中雙擊打開所需的分析模板文件。如果您的分析模板未顯示在“模板”視圖中,使用共享網絡驅動器或 U 盤傳輸模板。
- 檢查組定義、板布局和儀器方案后,點擊 Start Run(開始運行)。
- 輸入結果文件的保存位置后(完成分析后),XFe 分析儀上的托盤門將打開。
重要!在開始校準前,應確保:
- 傳感器探針板正確安裝在水化板上。
- 取下傳感器探針板的蓋子。
- 傳感器探針板在水化板上的位置經過正確定位(定向)。
- 提示時,將傳感器探針板(已水化并加載化合物)和水化板放在托盤上。
- 按 I'm Ready(準備完畢)啟動傳感器探針板校準。
完成校準大約需要 10–20 分鐘(37 °C 下的分析)。對于在 37 °C 以外溫度條件下的 XF 分析,需要額外加 30 分鐘進行預校準,確保得到準確的數據。
傳感器探針板校準完成后,Wave Controller 將顯示 Load Cell Plate(加載細胞板)對話框。
- 單擊 Open Tray(打開托盤)彈出水化板,并將細胞板加載到托盤上。運行該步驟時,傳感器探針板仍然在 XFe 分析儀中。
重要!在加載細胞板前,應確保:
- 取下細胞板的蓋子。
- 細胞板在托盤上的位置經過正確定位(定向)。
- 在將細胞板放在托盤上之后,點擊 Load Cell Plate(加載細胞板)開始平衡。在完成平衡后,分析將自動開始采集基線測量值(如儀器方案中所述)。
- 儀器方案的最終測量命令完成后,Wave Controller 軟件將顯示 Unload Sensor Cartridge(卸載傳感器探針板)對話框。
- 準備好彈出傳感器探針板和細胞板時,單擊 Eject(彈出)。如有需要可以將其保存,待后續分析(如細胞計數歸一化)。
- 取出傳感器探針板和細胞板后,將顯示 Assay Complete(分析完成)對話框。
單擊 View Results(查看結果)可以快速打開分析結果文件,或單擊 Wave Home(Wave 主頁)返回“模板”視圖并開始另一個 XFe 分析。
- 將分析結果文件保存或傳輸到共享網絡驅動器或 U 盤上,并使用您電腦上的 Wave Desktop 軟件打開用于數據分析。
參閱 Wave 用戶指南第 2 章,了解 XFe 分析儀分析操作的完整細節,包括如何在分析中添加/刪除測量值、XFe 分析在 37 °C 以外溫度下的環境條件,等等。
運行分析的流程
- 填充所有目標加藥口后,將探針板和水化板轉移到分析儀上,并開始探針板校準。
重要!在開始校準前,應確保:
- 傳感器探針板正確安裝在水化板上。
- 取下傳感器探針板的蓋子。
- 傳感器探針板在水化板上的位置經過正確定位(定向)。
- 探針板校準完成后,按照軟件提示將水化板更換為細胞培養板并開始 XF 分析。
重要!在加載細胞板前,應確保:
- 取下細胞板的蓋子。
- 細胞板在托盤上的位置經過正確定位(定向)。
- 分析完成后將彈出傳感器探針板和細胞培養板,如有需要可以將其保存,待后續分析(如細胞計數歸一化)。
- 將 XFd 結果文件保存或傳輸到共享網絡驅動器或 U 盤上,并使用您電腦上的 Wave Desktop 軟件打開用于分析數據分析。
運行分析的流程
- 在 XFp 分析儀主屏幕上,點擊 Start(開始)顯示可用的分析模板列表。
- 在 XF HS Mini 分析儀主頁視圖上,點擊 Start(開始)顯示可用的分析模板列表。
- 如果所需的分析模板文件在 Wave Pro/Wave 軟件或 Seahorse Analytics 上創建,則分別使用共享網絡驅動器或 U 盤打開或傳輸分析模板文件。
- 點擊以打開分析模板查看模板設計:
- 組定義 — 點擊組名顯示所選組的加樣策略、預處理和細胞類型信息。XFp 分析儀軟件不允許修改組定義,修改必須使用 Wave Desktop 軟件。
- 板布局 — 改變分配到組的某個孔,先點擊組名稱,然后點擊板布局上的孔。
- 點擊列表中的模板,打開并檢查組定義和板布局:
- 組定義 — 點擊組名顯示所選組的加樣策略、預處理、檢測液和細胞類型。可以使用安捷倫 Seahorse Analytics 的“修改”功能修改組定義。
- 板布局 — 要改變板布局上分配給某個孔的組,先點擊列表中的組名稱,然后點擊板布局上的孔。
- 點擊向右的箭頭(右下角)查看或編輯儀器方案
- 如需在儀器方案中添加或刪除測量周期,首先點擊“實驗步驟”,然后使用加/減按鈕調整測量周期。
- 點擊 XF HS Mini 顯示屏頂部功能區中的 Protocol(方案)以查看或編輯儀器方案。
- 如需添加或刪除測量周期,首先點擊 Protocol(方案)命令,然后使用加/減按鈕調節測量周期的數量。
- 點擊向右的箭頭(右下角)查看或編輯儀器方案。
- 點擊 Assay Name(分析名稱)旁的 Edit(編輯),自定義分析結果文件名稱。
- 點擊 Notes(備注)旁的 Edit(編輯),添加與分析相關的自定義備注。
- 點擊 Email Notification(郵件通知)旁的 Edit(編輯),將用戶交互通知收件人(例如用細胞板替換水化板),并在分析完成后自動發送分析結果文件。該功能需要 XFp 分析儀器聯網。
- 點擊 XF HS Mini 顯示屏頂部功能區中的 Review & Run(查看和運行)可以:
- 編輯分析結果文件名。
- 添加關于分析的注釋。
- 查看提醒通知。
- 輸入電子郵件地址,以便在需要用戶交互時接收來自 XF HS Mini 分析儀的自動通知,并在完成分析時接收分析結果文件的副本。此功能需要有效的網絡連接。
- 在準備開始 XF 分析時,單擊 Start Assay(開始分析)。
- 提示時,將傳感器探針板(已水化并加載化合物)和水化板放在托盤上。
重要!在加載細胞板前,應確保:
- 傳感器探針板正確安裝在水化板上。
- 取下傳感器探針板的蓋子。
- 傳感器探針板在水化板上的位置經過正確定位(定向)。
- 準備好開始 XF 分析時,點擊 Start Run(開始運行)。
- 按照屏幕上的提示加載校準液水化板和傳感器探針板(已水化并加載用于加樣的化合物)。
重要!在開始校準前,應驗證:
- 傳感器探針板正確安裝在校準液水化板上。
- 傳感器探針板的蓋子已取下。
- 傳感器探針板和校準液水化板正確放置在托盤上。
在準備開始校準時,點擊 Close Tray(關閉托盤)。
- 校準完成后,XFp 分析儀托盤將打開并露出水化板。取下水化板,將細胞板加載到托盤上。
重要!在加載細胞板前,應確保:
- 取下細胞板的蓋子。
- 細胞板在托盤上的位置經過正確定位(定向)。
在準備開始分析時,點擊 Continue(繼續)。
- 校準完成后,點擊 Open Tray(打開托盤)以露出校準水化板。取下校準水化板,將細胞板放到托盤上。
重要!在加載細胞板開始分析前,應驗證:
- 細胞板蓋子已取下。
- 傳感器探針板和校準液水化板正確放置在托盤上。
注:將 XF HS 迷你板加載到 XF HS Mini 分析儀時,屏幕上將顯示一條提示,提醒您取下硅膠遮罩。必須取下遮罩,以防干擾和損壞儀器。
- 在將細胞板放在托盤上之后,點擊 Continue(繼續)開始平衡。在完成平衡后,分析將自動開始采集基線測量值(如儀器方案中所述)。
- 分析的第一步稱為平衡。在完成平衡后,分析將開始采集第一個基線測量值(如儀器方案中定義)。在視圖中心數據顯示的上方,可以看到儀器方案中的當前命令和已完成的命令。
- 在儀器方案的最終測量命令完成后,將出現 Remove Plate and Cartridge(取下板和探針板)對話框。點擊 Continue(繼續)彈出傳感器探針板和細胞板。如有需要可以將其保存,待后續分析(如細胞計數歸一化)。
- 在儀器方案的最終測量完成后,點擊 Eject(彈出),從 XF HS Mini 中彈出傳感器探針板和細胞板。托盤完全彈出時,從托盤中取出傳感器探針板和細胞板,如有需要可以將其保存,待其他分析(如細胞計數歸一化)。點擊 Continue(繼續)關閉托盤。
- 將分析結果文件保存或傳輸到共享網絡驅動器或 U 盤上,并使用您電腦上的 Wave Desktop 軟件打開用于數據分析。
- 選擇一個位置(USB 或網絡)來保存 XF HS Mini 的分析結果文件和其他數據文件格式,然后點擊 OK(確定)。登錄您的 賬戶并上傳您的 XF HS Mini 分析結果文件以進行數據分析。
相關支持材料
- XF24 軟件下載
- XF96 軟件下載
- 安裝與故障排除指南
- XF24 軟件自述文件安裝指南
- XF96 軟件自述文件安裝指南
- XFp 細胞能量代謝分析儀用戶指南
- XF HS Mini 細胞能量代謝分析儀用戶指南
- XFp 網絡設置指南
- XF HS Mini 網絡設置指南
- Wave 用戶指南
- XFe 網絡指南
- 安捷倫 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定模板
- 如何分析安捷倫 XF 實時 ATP 速率測定結果數據
- 技術概述:表征細胞 — 采用 OCR 值確定最佳接種密度
- 技術概述:表征細胞 — 采用 OCR 值確定最佳接種密度
- Seahorse XF HS Mini 軟件更新(2021 年 2 月)
僅顯示 Seahorse 的信息
更改儀器類型5. 分析 XF 分析結果
在具體分折 XF 具體分折結杲部分,您將學習關于安捷倫 Seahorse Analytics 的基礎知識,以及如何使用 Seahorse Analytics 分析您的 XF 實時 ATP 速率測定結果文件。如果您正在尋找關于 Wave Desktop 和報告生成器的幫助內容,請點擊此處。
Seahorse Analytics 是一款基于網頁的軟件應用程序,它提供桌面式互動,簡便易學的界面,讓您能夠在全球任何地方通過任何計算機分析來自安捷倫 Seahorse XFe、XFp 和 XF HS Mini 分析儀的結果數據。只要您聯網,就可以使用 Seahorse Analytics 分析您的 Seahorse 數據。
請考慮:而對于 XF96 用戶組,需求應先實用 Wave Desktop 手機軟件將 .xfd 結局相關壓縮文件名稱變為為闡述結局相關壓縮文件名稱論文格式,.xfd 結局相關壓縮文件名稱未能在 Seahorse Analytics 中去闡述。 的選擇下面題目詳細了解更好訊息:5.1 前言
安捷倫 Seahorse Analytics 是 Seahorse 數據檢測儀具體分析儀器的首選數據分析軟件,可以輕松地導入、分析、報告結果,并與團隊或合作者共享。
管于安捷倫 Seahorse Analytics 的幾乎數據:性能指標 | 詳細信息 |
---|---|
用途 | 數據分析 |
Seahorse 數據文件兼容性 | XFe96 分析結果文件 |
XFe24 分析結果文件 | |
XFp 分析結果文件 | |
XF HS Mini 分析結果文件 | |
互聯網瀏覽器兼容性 | Google Chrome |
Safari | |
Mozilla Firefox | |
Microsoft Edge 熱烈推薦千萬不要的使用 Internet Explorer |
|
導出選項 | Microsoft Excel (.xlsx) |
Graphpad Prism (.pzfx) | |
圖相文件夾(.JPG 和 .PNG) |
熟悉 Seahorse Analytics 用戶界面
百度主頁視圖:注冊和/或登錄 Seahorse Analytics 賬戶后,您將進入網頁視圖(如下圖所示)。要返回首頁視圖,請點擊深藍色導航功能區左上角的 Home(主頁)按鈕。
- 首頁導航視圖上的數據文件列表顯示您從文件共享中導入、編輯和/或接受的五 (5) 個最新文件。
- 在文件列表下方,您將看到 My Analyzers(我的分析儀),您可以在其中將一個或多個 Seahorse XF 分析儀關聯到您的賬戶。
- 要從個人中心視圖中導入數據文件,請點擊文件列表上方右上角中的 File Upload(上傳文件)小按鈕。
點擊應用程序頂部深藍色功能區左上角的 Files(文件)按鈕,以顯示已導入您的 Seahorse Analytics 賬戶的所有數據文件。
- 在文檔視圖的左側,您將看到為您的賬戶創建的任何自定義文件夾。
- 文件列表和隨附的文件元數據(即最近修改日期、儀器類型等)顯示在文件下載視圖的中間。
- 在文件視圖的右上角,可以看到 File Upload(上傳文件)按鈕,用于將數據文件導入您的賬戶。您會看到 Create Folder(創建文件夾)按鈕,該按鈕可以創建一個新的自定義文件夾,您可以向其分配數據文件。您還會看到一個快速搜索字段,允許您對賬戶中的數據文件執行關鍵字搜索。搜索功能可在文件名、類別、最近修改日期和儀器類型中查找關鍵字匹配。
點擊頂部深藍色功能區中的 Resources(資源),訪問一系列常用資源,以支持您的安捷倫 Seahorse XF 分析工作流程,并獲取安捷倫細胞分析支持團隊的聯系信息。
安裝和用戶數信心:點擊深藍色頂部導航欄右上角的用戶的支付寶賬戶圖標,以管理用戶賬戶信息或注銷。
點擊 Settings and User Data(設置和用戶數據)鏈接以顯示賬戶管理選項,其中包括:
- 檢查用于存儲數據文件的可用空間,查看安捷倫隱私權政策,或刪除您的 Seahorse Analytics 賬戶。
- 重命名或刪除自定義分析視圖。
- 更改您的 Seahorse Analytics 賬戶密碼。
點擊深藍色頂部導航欄右上角的小鈴鐺標志可以顯示您的賬戶通知。您可以通過通知了解到何時某人與您共享了數據文件,或者您與其他用戶共享的文件是否已被接受。通知鈴鐺圖標將顯示一個小紅色數字,代表您的待處理通知數量。有關如何共享和接受數據文件的更多信息,請參閱一起部分。
點擊深藍色頂部導航欄右上角的問號圖標可以顯示基本幫助信息。點擊 Help(幫助)按鈕時,顯示的幫助信息取決于軟件的當前屏幕。有關分析視圖的更多信息,請在分析視圖上點擊 Help(幫助)按鈕。有關文件管理功能的更多信息,請在文件視圖上點擊 Help(幫助)按鈕。
有兩種方法可將數據文件導入到您的賬戶中:(1) 手動導入數據文件,或 (2) 接受與您共享的數據文件。您可以在個人中心和文件名視圖上,使用兩個視圖文件列表上方右上角的“上傳文件”按鈕,將數據文件導入到您的賬戶中。
- 單擊 File Upload(上傳文件)按鈕,顯示文件上傳對話框(如右圖)。
- 單擊 Choose a file(選擇文件)以瀏覽數據文件,或者,如果打開了數據文件的文件瀏覽器,則可以將文件拖放到該區域中。
- 一次導入一個或多個數據文件,可以看到已選擇 2 個數據文件用于導入。
- 選擇一個自定義文件夾來保存數據文件,而不是主文件列表。導入數據文件后,可以隨時將其移動到自定義文件夾。
- 通過輸入新類別或點擊類別字段顯示現有類別標簽,為數據文件分配類別標簽。
- 單擊 Import(導入)
- Seahorse Analytics 將確認文件導入成功。關閉此對話框時,將看到導入的文件顯示在文件列表第一位。
- Send To(發送至):顯示共享對話框,輸入要發送選定文件的電子郵件地址。
- Delete(刪除):從賬戶中刪除選定的文件。
- Categories(類別):添加或刪除類別標簽。
- Make a Copy(生成副本):創建所選文件的副本。
- Rename(重命名):重命名選定的文件。
- Move to folder(移動到文件夾):將所選文件移動到自定義文件夾。
- Export to Excel & GraphPad Prism(導出到 Excel 和 GraphPad Prism):將選定分析結果文件中的數據導出到 Microsoft Excel 或 GraphPad Prism 文件。
- Download(下載):將選定的文件下載到您的 PC 上。
5.2 分析視圖
Seahorse Analytics 了解視圖在一個頁面中集成了多個小組件(圖)。有 3 種不同的分析視圖 — 標準分析視圖、自定義分析視圖和檢測試劑盒助手分析視圖。
- 規則分析視圖包含基本的小組件選項,例如動力學曲線圖、散點圖和條形圖,這些小組件選項用于查看特定速率測量或一系列速率測量(即動力學圖)的 OCR、ECAR、PER。
- 自定議分析視圖列表顯示了包含我們選澤的訂座義小組件的所有自定義分析視圖。可將任何類型的小組件添加到自定義分析視圖中。
- 測量化學試劑盒肋手分析視圖列表顯示的各分析視圖上的小組件代表選定的安捷倫 Seahorse XF 檢測試劑盒的已定義參數。檢測試劑盒助手分析視圖可用于對使用各自支持的安捷倫 Seahorse XF 分析工作流程和方案生成的文件進行數據分析。
展開 Views(視圖)列表以顯示應用于分析結果文件的分析視圖列表或添加新的分析視圖(如下圖所示)。
其它首要信心:- 并非所有的 XF 分析工作流程都能使用 Seahorse Analytics 進行分析。您可以將結果數據導出至 Microsoft Excel 或 GraphPad Prism 以滿足自定義分析需求。
- 每個小組件都有自己的板布局,用于控制該小組件的數據圖。要編輯數據圖,請雙擊小組件打開小組件編輯器視圖。使用圖形上方功能區中的功能以及圖形右側的板布局來控制數據圖。如需執行文件級別的更改,請轉到 Modify(修改)視圖。
- 有時,您會希望對分析結果文件進行細微修改。可以通過點擊功能區右上角的 Modify(修改)按鈕從任何分析視圖訪問修改功能。使用修訂功能對文件進行的更改將影響結果文件中的所有小組件/分析視圖(即刪除異常值孔、更改組顏色或重命名組)。
一片空白和自舉例數據分析視圖:自定義分析視圖功能提供了出色的數據分析靈活性。您可以將任何分析視圖保存為自定義視圖,但本示例向您展示了如何從空白圖片視圖開始創建自定義分析視圖。下面的一系列步驟還重點介紹了如何使用空白/自定義視圖功能將分析工作流程中的常規步驟自動化,從而提高工作流程的一致性并節省時間。
a. 打開分析結果文件,選擇 Standard Graphs > Blank View(標準圖形 > 空白視圖),然后點擊 Add View(添加視圖)
b. 點擊 Add Widget(添加小組件),選擇 Standard Graphs > Kinetic Graph(標準圖形 > 動力學曲線),然后點擊 Add Widget(添加小組件)
c. 在 Widget Editor(小組件編輯器)視圖中,執行以下步驟:
- 切換 Y1 > Level(Y1 > 水平)以顯示 O2 水平數據
- 關閉 Background Correction(背景矯正)
- 雙擊小組件的名稱并鍵入:Oxygen Level Data QC(氧氣水平數據)
e. 點擊 Add Widget(添加小組件)的“+”號(動力學曲線下方),選擇 Standard Graphs > Kinetic Graph(標準圖形 > 動力學曲線),然后點擊 Add Widget(添加小組件)
f. 在 Widget Editor(小組件編輯器)視圖中,執行以下步驟:
- 使用 Rate(速率)下拉菜單并選擇 ECAR
- 切換 Y1 > Level(Y1 > 水平)以顯示 pH 水平數據
- 關閉 Background Correction(背景矯正)
- 雙擊小組件的名稱并鍵入:pH Level Data QC(pH 水平數據 QC)
g. 點擊折回箭頭標志以返回分析視圖。
h. 展開分析視圖右側的 Views(視圖)菜單,然后點擊“New View”(新建視圖)分析視圖名稱右側的 3 個點。
i. 點擊 Save as Custom View(另存為自定義視圖)并鍵入自定義視圖名稱(如數據 QC 視圖)
j. 下每次添加資料資料對其進行淺析時,將可選擇自定義的數據 QC 視圖,從而節省為每個導入的新文件創建相同分析文件的時間。
檢測試劑盒助手分析視圖信息:
1. Assay Kit Companion Analysis View ? XF Cell Mito Stress Test(檢測試劑盒助手分析視圖 ? XF 細胞線粒體壓力測試):要在單個分析視圖中計算并顯示 XF 細胞線粒體壓力測試檢測參數:
- 在 Add View(添加視圖)窗口中,點擊 Assay Kit Companion View(檢測試劑盒助手視圖)列表以展開選項列表。
- 點擊 XF Cell Mito Stress Test(XF 細胞線粒體壓力測試)分析視圖以顯示檢測參數小組件。
- 很重要建議:對于涉及 4 次加藥的 XF 細胞線粒體壓力測試,必須使用小組件上方的下拉菜單確定哪一次是寡霉素,然后才能添加此分析視圖。這一步驟非常重要,因為正確選擇了哪一次是寡霉素加藥才能正確計算檢測參數;寡霉素加藥選擇錯誤將導致小組件計算和圖形不正確。
- 選擇所需的參數小組件(例如基礎呼吸、最大呼吸等)添加到分析視圖。小組件周圍的藍色輪廓表示其已被選中。如果 Acute Response(急性響應)小組件呈灰色,則不能選擇,因為該參數僅適用于急性加藥的 XF 細胞線粒體壓力測試分析。
- 如有必要,在組文件列表中關閉/打開組,然后點擊 Add View(添加視圖)
a. 點擊 Add Widget(添加小組件)按鈕(如右圖紅色框所示)。
注重報錯:針對于涉及到的 4 次投投加劑的 XF 神經細胞線粒體重壓測量,需求施用班組件正上方的下拉菜譜認定哪一起是寡霉素,其次才華將選取的班組件含有到講解視圖。這樣工作步驟相當必要,是因為正確無誤性性選取了哪一起是寡霉素投投加劑才華正確無誤性性計算方式的論文檢測主要參數;寡霉素投投加劑選取失誤將使得班組件計算方式的和設計一高一低確性性。
下表介紹了 XF 體細胞線粒體負擔檢驗檢測參數的計算:
檢測參數 | 公式 |
---|---|
非線粒體耗氧量 | 加入魚藤酮和抗霉素 A 后的最低速率測量值 |
基礎呼吸 | (首次加藥前的末次速率測量值)–(非線粒體耗氧量) |
最大呼吸 | (加入 FCCP 后的最大速率測量值)–(非線粒體耗氧量) |
質子漏 | (加入寡霉素后的最小速率測量值)–(非線粒體耗氧量) |
ATP 生成關聯呼吸 | (加入寡霉素前的末次速率測量值)–(加入寡霉素后的最小速率測量值) |
備用呼吸能力 | (最大呼吸)–(基礎呼吸) |
備用呼吸能力 (%) | (最大呼吸)/(基礎呼吸)× 100% |
急性響應 | (加入寡霉素前的末次速率測量值)–(急性加藥前的末次速率測量值) |
關聯效率 | (ATP 生成關聯呼吸)/(基礎呼吸)× 100% |
2. Assay Kit Companion Analysis View ? XF Substrate Oxidation Stress Test(檢測試劑盒助手分析視圖 ? XF 底物氧化壓力測試):要在單個分析視圖中計算并顯示 XF 底物氧化壓力測試檢測參數:
- 在 Add View(添加視圖)窗口中,點擊 Assay Kit Companion View(檢測試劑盒助手視圖)列表以展開選項列表。
- 點擊 XF Sub Ox Stress Test(XF 底物氧化壓力測試)分析視圖以顯示檢測參數小組件。
- 選擇所需的參數小組件添加到分析視圖。小組件周圍的藍色輪廓表示其已被選中。
- 可選:通過 FCCP Max Rate(FCCP 最大速率)下拉列表可選擇加入 FCCP 后使用哪個測量點計算最大呼吸。使用默認選項,Seahorse Analytics 將計算每組的最大呼吸;最大響應可能因組而異(即,組 1 的最大響應是加入 FCCP 后的第一個測量值,組 2 的最大響應是加入 FCCP 后的第三個測量值)。
還可以選擇特定的速率測量值來計算最大呼吸,Seahorse Analytics 將針對每組使用相同的加入 FCCP 后的速率測量值。使用上述示例,可以讓 Seahorse Analytics 使用特定的加入 FCCP 后的速率測量值來計算所有組的最大響應,而不是計算組內最大呼吸。 - 如有必要,在組列表中關閉/打開組,然后點擊 Add View(添加視圖)
a. 點擊 Add Widget(添加小組件)按鈕(如右圖紅色框所示)。
b. 展開 XF 底物被氧化經濟壓力公測班級件數據庫,選擇所需的小組件,然后點擊 Add Widget(添加小組件)。
下表介紹了 XF 底物鈍化壓為試驗檢測參數的計算:
檢測參數 | 公式 |
---|---|
基礎呼吸 | (首次加藥前的末次速率測量值)–(非線粒體耗氧量*) |
最大呼吸 | (加入 FCCP 后的最大速率測量值)–(非線粒體耗氧量*) |
急性響應 | (加入寡霉素前的末次速率測量值)–(急性加藥前的末次速率測量值) |
* 非線粒體耗氧量 | 加入魚藤酮和抗霉素 A 后的最低速率測量值 |
請勿力:底物氧化壓力測試檢測方案與采用急性加藥的 XF 細胞線粒體壓力測試的檢測方案相同,因此可以通過從 Add Widget > XF Cell Mito Stress Test(添加小組件 > XF 細胞線粒體壓力測試)小組件列表中選擇所需的檢測參數,從 XF 底物氧化壓力測試數據文件中獲得其他 XF 細胞線粒體壓力測試檢測參數(例如質子漏、ATP 相關的 OCR、備用呼吸能力和非線粒體 OCR 等)。 |
3. Assay Kit Companion Analysis View ? XF Cell Energy Phenotype Test(檢測試劑盒助手分析視圖 ? XF 細胞能量代謝表型測試):要在單個分析視圖中計算并顯示 XF 細胞能量代謝表型測試檢測參數:
- 在 Add View(添加視圖)窗口中,點擊 Assay Kit Companion View(檢測試劑盒助手視圖)列表以展開選項列表。
- 點擊 XF Cell Energy Phenotype(XF 細胞能量代謝表型測試)分析視圖以顯示檢測參數小組件。
- 選擇所需的參數小組件添加到分析視圖。小組件周圍的藍色輪廓表示其已被選中。
- 如有必要,在組列表中關閉/打開組,然后點擊 Add View(添加視圖)
檢測參數 | 公式 |
---|---|
基線 OCR | 首次加藥前的末次 OCR 速率測量值 |
基線 ECAR | 首次加藥前的末次 ECAR 速率測量值 |
應激 OCR | 首次加藥后的最大 OCR 速率測量值 |
應激 ECAR | 首次加藥后的最大 ECAR 測量值 |
代謝潛能 (OCR) | (應激 OCR/基線 OCR)× 100% |
代謝潛能 (ECAR) | (應激 ECAR/基線 ECAR)× 100% |
4.2. Assay Kit Companion Analysis View ? XF Real-Time ATP Rate Assay(檢測試劑盒助手分析視圖 ? XF 實時 ATP 速率測定):按照下面的步驟在單個分析視圖中計算并顯示 XF 實時 ATP 速率測定參數。請注意,必須正確配置緩沖系數,才能將此分析視圖和此分析視圖的小組件添加到分析結果文件中。
- 在 Add View(添加視圖)窗口中,點擊 Assay Kit Companion View(檢測試劑盒助手視圖)列表以展開選項列表。
- 點擊 XF ATP Rate Assay(XF ATP 速率測定)分析視圖以顯示檢測參數小組件。
- 對于成脂 XF ATP 速率測定(寡霉素和魚藤酮/抗霉素 A 標準加藥前進行 1 或 2 次加藥),必須使用小組件上方的下拉菜單確定寡霉素加藥是第 2 次還是第 3 次,然后才能添加此分析視圖。這一步非常重要,只有正確選擇了哪一次是寡霉素加藥才能正確計算檢測參數;寡霉素加藥選擇錯誤將導致小組件計算和圖形不正確。有關這兩個工作流程的更多信息,請參閱 XF 實時 ATP 速率測定用戶手冊。
- 選擇所需的參數小組件添加到分析視圖。小組件周圍的藍色輪廓表示其已被選中。如果小組件呈灰色,則不能選擇,因為分析文件不滿足計算參數所需的最少加藥次數要求。
- 如有必要,在組列表中關閉/打開組,然后點擊 Add View(添加視圖)
a. 點擊 Add Widget(添加小組件)按鈕(如右圖紅色框所示)。
b. 展開 XF ATP 傳輸率法測定小組長件匯總,選擇所需的小組件,然后點擊 Add Widget(添加小組件)。
核心報錯:對待促進 XF ATP 帶寬判斷(寡霉素和魚藤酮/抗霉素 A 規格投投加劑后退行 1 或 2 次投投加劑),就必須實用黨專班件下方的下拉導航欄選定寡霉素投投加劑是第 2 次依然第 3 次,再才加上此講解視圖。這1步很注重,只正常選定了哪多次是寡霉素投投加劑才正常核算判斷性能指標;寡霉素投投加劑選定內部錯誤將會導致黨專班件核算和圖案不對常。
標準 XF 實時 ATP 速率測定
檢測參數 | 公式 |
---|---|
線粒體呼吸 ATP 產生速率(基礎) | [(首次加藥前末次 OCR 速率測量值 - 加入寡霉素后至加入 Rot/AA 前最小 OCR 速率測量值)× 2 × (P/O)] |
糖酵解 ATP 產生速率(基礎) | 首次加藥前末次 glycoPER 測量值 |
總 ATP 產生速率(基礎) | (線粒體呼吸 ATP 產生速率)+(糖酵解 ATP 產生速率) |
XF ATP 速率指數(基礎) | (線粒體呼吸 ATP 產生速率)/(糖酵解 ATP 產生速率) |
誘導 XF 實時 ATP 速率測定:
檢測參數 | 公式 |
---|---|
線粒體呼吸 ATP 產生速率(基礎) | [(首次加藥前末次 OCR 速率測量值 - 加入寡霉素后至加入 Rot/AA 前最小 OCR 速率測量值)× 2 × (P/O)] |
糖酵解 ATP 產生速率(基礎) | 首次加藥前末次 glycoPER 測量值 |
總 ATP 產生速率(基礎) | (線粒體呼吸 ATP 產生速率)+(糖酵解 ATP 產生速率) |
XF ATP 速率指數(基礎) | (線粒體呼吸 ATP 產生速率)/(糖酵解 ATP 產生速率) |
線粒體呼吸 ATP 產生速率(誘導) | (急性加藥后和加入寡霉素前的平均 OCR 速率測量值)-(加入寡霉素后和加入 Rot/AA 前的最小 OCR 速率測量值)]× 2 × (P/O) |
糖酵解 ATP 產生速率(誘導) | 急性加藥后和下一次加藥前的糖酵解 ATP 產生速率測量值的平均值。 |
總 ATP 產生速率(誘導) | 線粒體呼吸 ATP 產生速率(誘導)+ 糖酵解 ATP 產生速率(誘導) |
XF ATP 速率指數(誘導) | 線粒體呼吸 ATP 產生速率(誘導)/糖酵解 ATP 產生速率(誘導) |
5.3. Assay Kit Companion Analysis View ? XF T Cell Activation Assay(檢測試劑盒助手分析視圖 ? XF T 細胞活化測定):要在單個分析視圖中計算并顯示 XF T 細胞活化測定參數:
- 在 Add View(添加視圖)窗口中,點擊 Assay Kit Companion View(檢測試劑盒助手視圖)列表以展開選項列表。
- 點擊 XF T Cell Activation Assay(XF T 細胞活化測定)分析視圖以顯示檢測參數小組件。
- 選中 Baseline(基線)復選框以計算每個小組件中顯示的 PER 數據,以相對于基線速率測量值的百分比 (%) 表示,基線速率測量值是加入活化劑前的最后一次速率測量值。對于定量數據,請勿選中 Baseline(基線)復選框,以 pmol/min 為單位計算 PER。
- 確保在 Activator Injection(加入活化劑)下拉菜單中選擇了正確的加藥位置。
- 選擇所需的參數小組件添加到分析視圖。小組件周圍的藍色輪廓表示其已被選中。
- 如有必要,在組列表中關閉/打開組,然后點擊 Add View(添加視圖)
c. 點擊 Add Widget(添加小組件)按鈕(如右圖紅色框所示)。
d. 展開 XF T Cell Activation Assay(XF T 細胞活化測定),選擇所需的小組件,然后點擊 Add Widget(添加小組件)。
檢測參數 | 公式 |
---|---|
T 細胞活化 | PER(質子釋放率)數據以動力學曲線顯示 |
最大速率 | 在 Seahorse Analytics 中使用非線性最小二乘曲線擬合算法,使用加入活化劑后和加入 2-DG 前的速率測量數據進行計算。有關該計算方法的更多信息,請參閱: H. J. Motulsky, "Exponential plateau", GraphPad Curve Fitting Guide. Accessed 20 May 2020. |
曲線下面積 | 在 Seahorse Analytics 中使用加入活化劑后和加入 2-DG 前的速率測量數據進行計算。AUC 值僅包括高于基線的峰值。有關該計算方法的更多信息,請參閱: H. J. Motulsky, "How to: Area under the curve", GraphPad Statistics Guide. Accessed 20 May 2020. |
6.4. Assay Kit Companion Analysis View ? XF Glycolytic Rate Assay(檢測試劑盒助手分析視圖 ? XF 糖酵解速率測定):按以下步驟在單個分析視圖中計算并顯示 XF 糖酵解速率測定參數。請注意,必須正確配置緩沖系數,才能將此分析視圖和此分析視圖的小組件添加到分析結果文件中。
- 在 Add View(添加視圖)窗口中,點擊 Assay Kit Companion View(檢測試劑盒助手視圖)列表以展開選項列表。
- 點擊 XF Glycolytic Rate Assay(XF 糖酵解速率測定)分析視圖以顯示檢測參數小組件。
- 對于促進 XF 糖酵解速率測定(魚藤酮/抗霉素 A 和 2-DG 標準加藥之前進行 1 或 2 次加藥),必須使用小組件上方的下拉菜單確定哪一次是魚藤酮/抗霉素-A 加藥,然后才能添加此分析視圖。這一步非常重要,只有正確選擇了哪一次是魚藤酮/抗霉素-A 加藥才能正確計算檢測參數;魚藤酮/抗霉素-A 加藥選擇錯誤將導致小組件計算和圖形不正確。有關這兩個工作流程的更多信息,請參閱 XF 糖酵解速率測定用戶手冊。
- 選擇所需的參數小組件添加到分析視圖。小組件周圍的藍色輪廓表示其已被選中。如果小組件呈灰色,則不能選擇,因為分析文件不滿足計算參數所需的最少加藥次數要求。
- 如有必要,在組列表中關閉/打開組,然后點擊 Add View(添加視圖)
a. 點擊 Add Widget(添加小組件)按鈕(如右圖紅色框所示)。
b. 展開 XF 糖酵解時延核查專班件詳細信息,選擇所需的小組件,然后點擊 Add Widget(添加小組件)。
核心報錯:對于介導 XF 糖酵解速率測定(魚藤酮/抗霉素 A 和 2-DG 標準加藥之前進行 1 或 2 次加藥),必須使用小組件上方的下拉菜單確定哪一次是魚藤酮/抗霉素-A 加藥,然后才能添加此分析視圖。這一步非常重要,只有正確選擇了哪一次是魚藤酮/抗霉素-A 加藥才能正確計算檢測參數;魚藤酮/抗霉素-A 加藥選擇錯誤將導致小組件計算和圖形不正確。
標準 XF 糖酵解速率測定
檢測參數 | 公式 |
---|---|
基礎糖酵解 | 首次加藥前末次 glycoPER 測量值 |
基礎質子釋放率 (PER)* | 首次加藥前末次 PER 測量值 |
糖酵解 PER%(基礎) | (基礎糖酵解)/(基礎 PER)× 100% |
* 表示該參數未在 Seahorse Analytics 中單獨報告,但用于計算其他報告的參數值。 |
誘導 XF 糖酵解速率測定
檢測參數 | 公式 |
---|---|
基礎糖酵解 | 首次加藥前末次 glycoPER 測量值 |
基礎質子釋放率 (PER)* | 首次加藥前末次 PER 測量值 |
糖酵解 PER%(基礎) | (基礎糖酵解)/(基礎 PER)× 100% |
代償糖酵解 | 加入 Rot/AA 后的最大 glycoPER 測量值 |
誘導糖酵解 | 誘導檢測加藥后和加入 Rot/AA 前的 glycoPER 測量值的平均值 |
誘導 PER* | 誘導檢測加藥后和下一次加藥前的 PER 測量值的平均值 |
糖酵解 PER%(誘導) | (誘導糖酵解)/(誘導 PER)× 100% |
* 表示該參數未在 Seahorse Analytics 中單獨報告,但用于計算其他報告的參數值。 |
排版團隊份數據圖:要自定義小組件的數據圖,請雙擊小組件打開小組件編輯器視圖。有多種方式可為特定小組件自定義數據圖。需要記住,每個小組件的板布局是獨立的,意味著在小組件編輯視圖上所做的更改將僅應用于相應的小組件。
每份圖頂端效果區中的效果展示專門針對該協作組內件性質的修改效果,舉例子改成速率單位參數性質、開放/停用歸一化或逐孔看到參數而是看到組平平局值來值。相關的他們效果非常運用工藝的更好信心,請參閱就各個協作組內件的原因分析。 圖右則的板布局合理能您涉及相應班組件,在估算和統計資料圖里具有或避免其他的調查孔。 專班件留言板的組大的數據分析庫顯視了已選專班件型的組分別值和精度大的數據分析。可以雙擊組名字,在專班件該圖顯視或掩蓋該組中的所有的大的數據分析。在板布局合理上關上的實驗英文孔不包擴在組大的數據分析庫顯視的值中。當從大的數據分析該圖在排除另一個組時,該組將顯視為暗色,給出圖已知的“比”組。 定意降低彈性系數一個常見的分析工作流程是為分析結果文件中的檢測液和背景孔定義緩沖器因子。計算質子釋放率 (PER) 需要此信息,在 Seahorse Analytics 的多個檢測試劑盒助手分析視圖的許多小組件中都會計算和顯示 PER(例如 XF T 細胞活化測定)。嘗試向未正確配置緩沖系數的分析結果文件添加分析視圖將導致錯誤消息(如下圖所示)。將緩沖系數正確分配給分析結果文件中的檢測液和背景孔后,可以打開所需的小組件和/或分析視圖。
滿足響應常數錯誤操作的步驟之一 — 如果在向數據文件添加第一個分析視圖時出現上面所示的錯誤,請從下面的步驟 1 開始操作。如果已在數據文件中打開了分析視圖,請從步驟 3 開始操作。
- 點擊 OK(確定)以關閉錯誤對話框。
- 在 Add View(添加視圖)窗口上,選擇 Standard Views > Quick View(標準視圖 > 快速視圖),然后選擇 OCR 動力學曲線小組件。
- 在分析視圖中,點擊 Modify(修改)(應用程序頂部深藍色功能區的右上角)。
- 點擊 Assay Media(檢測液)選項卡,確認已向檢測液組定義分配緩沖系數。如果未在此處看到緩沖系數,可以使用 Media Type(檢測液類型)下拉菜單選擇正確的安捷倫 Seahorse XF 判斷液。
Seahorse XF RPMI 和 DMEM 培植基 (pH 7.4) 選項將自動為檢測液分配緩沖系數。這樣您施用的是私人定制化檢查測量液,則必須鍵入私人定制化檢查測量液的緩沖區公式。
- 點擊 Background Buffer(背景緩沖液)選項卡,確認已向背景孔分配緩沖系數。如果勾選了 Use Default BF(使用默認緩沖液)框以確認使用 Seahorse XF RPMI 和 DMEM 的培養液 (pH 7.4),緩沖系數值將自動導入。如果您使用的是定制檢測液,則需要輸入定制檢測液的緩沖系數。
- 點擊 Groups(組)選項卡,確認已將檢測液分配到每個檢測組。
- 完成后,點擊 Save(保存)。執行(或更正)上述步驟后,您應該能夠將分析視圖(或小組件)添加到數據文件。如果在執行這些步驟后仍出現“you need to define buffer factor for media or background groups”(您需要定義檢測液或背景組的緩沖系數),請聯系安捷倫細胞分析支持:cellanalysis.support@aozhou2n.com
5.3 數據類型
細胞耗氧(呼吸)和質子分泌(糖酵解)導致細胞外氧和質子的濃度快速發生變化且容易測量。安捷倫 Seahorse XF 分析儀可實時測量細胞外氧和質子濃度的變化。使用 Seahorse Analytics,您可以輕松訪問和查看以下類型的數據:
1. 效率統計數據是所有 Seahorse XF 分析儀的主要輸出數據。Seahorse Analytics 計算并報告的 3 類速率數據為:
耗氧率 (OCR):對孔內樣品的耗氧量進行定量測量,從而測量隨時間變化的細胞和線粒體呼吸情況。以皮摩爾/分鐘 (pmol/min) vs 時間進行報告。耗氧率 (OCR) 數據顯示在 Rate(速率)模式下(右圖)。當您使用 Add Widget(添加小組件)功能向分析視圖中添加動力學曲線時,默認顯示的速率為 OCR。
比較重要!對于未包被的細胞板,建議的(XFe96、XFe24、XFp、XF HS Mini)一般 OCR 數據范圍為:
- 背景圖孔:37 °C 下為 0 ± 20 (pmol/min)
- 檢測孔:37 °C 下為 20–160/50–400 (pmol/min)(基線測量)。
腫瘤細胞外過酸率 (ECAR):細胞外檢測液中質子釋放隨時間的定性測量值,以 pH 千分之一/分鐘 (mpH/min) vs 時間進行報告。細胞外酸化率 (ECAR) 數據顯示在 Rate(速率)模式下(右圖)。您可以使用動力學曲線上方的 Rate(速率)下拉菜單控件在動力學曲線小組件編輯器視圖上顯示 ECAR 數據。
很重要!對于未包被的細胞板,(XFe96、XFe24、XFp、XF HS Mini)ECAR 數據的一般范圍為:
- 底色孔:37 °C 下為 0 ± 10 (mpH/min)
- 實驗所孔:37 °C 下為 10–90/20–120 (mpH/min)(基線測量)。
質子揮發釋放率 (PER):細胞外酸化程度的定量指標,考慮了檢測液緩沖能力和孔板幾何形狀。以皮摩爾/分鐘 (pmol/min) vs 時間進行報告。只能在運行后的實驗結果分析中獲得。在分析運行期間不會計算 PER。您可以使用動力學曲線上方的 Rate(速率)下拉菜單控件在動力學曲線小組件編輯器視圖上顯示 PER 數據。
2. 層次統計數據用于計算速率數據并用于數據質量評估 — 通常是 XF 分析工作流程的第一步。
氧濃度(O2 張力,單位 mmHg): 細胞(或其他生物材料)在速率測量周期內會消耗氧氣,導致檢測液中的氧濃度降低。這種氧濃度的降低可用于計算耗氧率(OCR,單位 pmol/min)。您可以通過將動力學曲線上方的 Y1 切換至 Level(水平),在動力學曲線小組件編輯器視圖上顯示氧張力水平數據。氧張力 (O2) 數據以 mmHg 相對時間的關系顯示(右圖)。
決定性!建議檢查每個分析結果文件的氧張力 (O2) 水平數據。使用未包被的細胞板時,建議的起始氧張力 (O2) 水平數據為:
- 環境孔:37 °C 下為 152 ± 10 (mmHg)
- 工作孔:37 °C 下為 152 ± 10 (mmHg)
- 測量周期結束時的氧張力不應低于 2040 mmHg
- 下一測量周期開始時的氧張力應與前一次測量的起始氧張力相等。
質子有機廢氣濃度 (pH):細胞(或其他生物材料)在速率測量周期內會排出質子,導致檢測液中的質子濃度升高。測量整個 XF 分析過程中微室內的質子濃度,并作為細胞外酸化率(ECAR,單位 mpH/min)進行計算。您可以首先使用 Rate(速率)下拉菜單選擇 ECAR,然后使用動力學曲線上方的控件將 Y1 切換至 Level(水平),在動力學曲線小組件編輯器視圖上顯示質子濃度。質子濃度 (pH) 數據以 pH 相對時間的關系顯示(右圖)。
必要!建議檢查每個分析結果文件的質子濃度 (pH) 水平數據。使用未包被的細胞板和安捷倫 Seahorse XF DMEM 或 XF RPMI 教育培養液,pH 7.4時,個人建議的開始和結束質子濃硫酸濃度 (pH) 能力數據資料范圍為:
- 歷史背景孔:37 °C 下 [pH] 為 7.4 ± 0.1
- 實驗報告孔:37 °C 下 [pH] 為 7.4 ± 0.1
- 測量周期結束時的 pH 值不應低于 pH 6.4
- 下一測量周期開始時的 pH 應與前一次測量的起始 pH 值相等。
5.4 數據顯示選項
安捷倫 Seahorse Analytics 提供一系列圖表類型,可通過選擇的分析視圖類型來分析和解析分析結果數據。有關創建和自定義分析視圖的更多信息,請參閱“分析視圖”部分。
1. 班級件內型 — 推流體力學身材曲線:動力學曲線是顯示 XF 結果數據最常用的一種方式,其中 x 軸為時間(單位為分鐘),y 軸為被測分析物濃度的變化率(O2 或 H+)。可以在動力學曲線小組件的 y 軸上顯示的兩種數據類型是:(1) 速率單位數據庫 — 耗氧量 (OCR)、細胞外酸化 (ECAR)、質子釋放 (PER) 以及 (2) 含量數據信息 — 氧張力 (mmHg) 或質子濃度 [mpH]。
- Add Widget > Standard Graphs ? Kinetics Graph(添加小組件 > 標準圖 ? 動力學曲線):
使用 Standard Graphs ? Kinetics Chart widget(標準圖 ? 動力學曲線小組件)創建所選速率類型(OCR、ECAR、PER)和測量值的動力學曲線。
通過點擊 Add Widget(添加小組件)按鈕(如右圖紅色框所示)并選擇 Kinetic Graph(動力學曲線,位于 Standard Graphs(標準圖)列表中),可以將動力學曲線小組件添加到 Seahorse Analytics 的任何分析視圖中。
注:您還可以將幾個專門的動力學曲線添加到自定義視圖中,專用于分析 XF 實時 ATP 速率測定結果數據 — 線粒體呼吸 ATP 產生速率、糖酵解 ATP 產生速率和總 ATP 產生速率。您可以通過點擊 Add Widget(添加小組件)并展開 XF ATP 效率分析的小組件選項列表(右圖)找到這些小組件。有關這些動力學曲線中計算的數據的更多信息,請參閱此白皮書。
2. 工作組件類 — 長條圖:條形圖是呈現 XF 數據的另一種常見方式,可幫助用戶進行常規 XF 分析,例如確定最佳 FCCP 濃度和細胞接種密度。Seahorse Analytics 提供了多種條形圖選項,可添加到分析視圖中,其中許多都是分析特定的。有關特定條形圖小組件的更多信息,請參閱此處或 Seahorse Analytics 中的特定檢測試劑盒助手分析視圖。
- Add Widget > Standard Graphs ? Bar Graph(添加小組件 > 標準圖 ? 條形圖):
使用 Standard Graphs ? Bar Chart widget(標準圖 ? 條形圖小組件)創建所選速率類型(OCR、ECAR、PER)和測量值的條形圖。
- 點擊 Add Widget(添加小組件)按鈕
- 展開 Standard Graphs(標準圖)列表
- 選擇 Bar Chart(條形圖)
- 點擊 Add Widget(添加小組件)
在小組件編輯器視圖上,使用 Rate(速率)下拉菜單選擇速率測量 10,然后點擊返回箭頭(小組件編輯器視圖的左上角)返回分析視圖。
3. 小組工作件類形 — 能量是什么圖:能量圖小組件是 X 和 Y 散點圖,可用于比較所有組或選定組中選定速率測量的兩種類型的速率數據。除了下面介紹的能量圖小組件之外,還有其他幾種散點圖小組件選項可添加到分析視圖中,這些選項是根據不同的分析類型而定的,并在分析視圖部分進行了定義。
- Add Widget > Standard Graphs ? Energy Map(添加小組件 > 標準圖 ? 能量圖):
使用 Standard Graphs ? Energy Map(標準圖 ? 能量圖)小組件來創建耗氧率數據 (OCR) 在 y 軸上的散點圖,酸化率數據 (ECAR 或 PER) 在 x 軸上的散點圖,描繪每個組選定速率測量的相對通路利用率。
使用 Measurement(測量)下拉菜單以顯示分析中另一個速率測量的組數據。
使用 Rate(速率)下拉菜單將 x 軸上的酸化率更改為 PER(或 ECAR);OCR 始終在 y 軸上顯示。
- Add Widget > XF ATP Rate Assay ? Energetic Map (Basal)(添加小組件 > XF ATP 速率測定 ? 能量圖(基礎))小組件:
能量圖(基礎)數據小組件位于 XF ATP 速率測定小組件列表中,可用于分析安捷倫 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定的標準和誘導工作流程數據。有關這兩個工作流程的更多信息,請參閱 XF 實時 ATP 速率測定用戶手冊。另請注意,必須為檢測液、背景孔和實驗組分配正確的緩沖系數,以計算該小組件數據。
Energetic Map (Basal)(能量消耗圖(框架))班級件的 y 軸為基礎線粒體呼吸 ATP 產生速率,x 軸為基礎糖酵解 ATP 產生速率(下圖,左)。小組件使用的計算可在 Add Widget(添加小組件)對話框(右圖)上的詳細信息中找到。
- Add Widget > XF ATP Rate Assay ? Energetic Map (Induced)(添加小組件 > XF ATP 速率測定 ? 能量圖(誘導))小組件:
能量圖(誘導)數據小組件也可以在 XF ATP 速率測定小組件列表中找到,但僅可應用于安捷倫 Seahorse XF 實時 ATP 速率測定的誘導檢測工作流程。有關誘導檢測工作流程的更多信息,請參閱 XF 實時 ATP 速率測定用戶手冊。另請注意,必須為檢測液、背景孔和實驗組分配正確的緩沖系數,然后才能計算該小組件數據。
Energetic Map (Induced)(消耗的能量圖(成脂))小組長件的 y 軸為誘導線粒體呼吸 ATP 產生速率,x 軸為誘導糖酵解 ATP 產生速率(右圖)。小組件使用的計算可在 Add Widget(添加小組件)對話框(下圖,右)上的詳細信息中找到。
對于存在 3+ 次加藥的 XF ATP 速率測定,您必須使用 Add Widget(添加小組件)(右圖)上的下拉菜單確定哪一次是寡霉素加藥,然后才能將此小組件添加到分析視圖。為哪個呢?因為確定了哪一次是寡霉素加藥,才能正確計算誘導 ATP 產生速率,并顯示在小組件上,所以這非常重要。寡霉素加藥選擇錯誤將導致計算結果和數據不正確。
- Add Widget > XF Cell Energy Phenotype Test ? XF Cell Energy Phenotype(增長隊伍件 > XF 血神經細胞卡路里新陳分解表型測驗 ? XF 血神經細胞卡路里新陳分解表型)隊伍件:XF 細胞能量代謝表型數據小組件位于 XF 細胞能量代謝表型小組件列表中,用于分析 XF 細胞能量代謝表型測試數據。
- 與 Seahorse Analytics 中的其他散點圖小組件選項相比,這是一個獨特的小組件,因為它每組繪制 2 個數據點 — 基線表型和應激表型,通過稱為代謝潛能的虛線連接 — y 軸始終為 OCR,x 軸始終為 ECAR(下圖)。
- 有關在此小組件中執行的計算的更多信息,請參閱 Add Widget(添加小組件)的 Details(詳細信息)部分或 XF 細胞能量代謝表型測試試劑盒用戶手冊)。
- 團隊件分類 — 同一:除了動力學曲線、條形圖和散點圖小組件外,Seahorse Analytics 還提供專門針對標準和/或誘導 XF 實時 ATP 速率測定工作流程的兩個小組件。有關這兩個工作流程的更多信息,請參閱 XF 實時 ATP 速率測定用戶手冊。另請注意,必須為檢測液、背景孔和實驗組分配正確的緩沖系數,然后才能計算該小組件數據。
對于超過 2 次加藥的 XF ATP 速率測定,您必須使用 Add Widget(添加小組件)對話框上的下拉菜單確定哪一次是寡霉素加藥,然后才能將此小組件添加到分析視圖。為這些呢?因為確定了哪一次是寡霉素加藥,才能正確計算 ATP 產生速率,并顯示在小組件上,所以這非常重要。寡霉素加藥選擇錯誤將導致計算結果和數據不正確。- Add Widget > XF ATP Rate Assay ? Stacked bar chart(添加小組件 > XF ATP 速率測定 ? 堆積條形圖):當前可在 XF ATP 速率測定小組件列表中找到堆積條形圖小組件。ATP Production Rate (Basal)(ATP 產生速率(基礎))小組件可為各組創建基礎糖酵解 ATP 產生速率(上方藍色條)和基礎線粒體呼吸 ATP 產生速率(下方紅色條)的堆積條形圖(下圖,左)。此小組件適用于標準和誘導檢測工作流程。
ATP Production Rate (Induced)(ATP 產生速率(誘導))小組件可為各組創建誘導糖酵解 ATP 產生速率平均值(上方藍色條)和誘導線粒體呼吸 ATP 產生速率平均值(下方紅色條)的堆積條形圖(下圖,右)。此小組件僅適用于誘導檢測工作流程。
- Add Widget > XF ATP Rate Assay ? Stacked bar chart(添加小組件 > XF ATP 速率測定 ? 堆積條形圖):當前可在 XF ATP 速率測定小組件列表中找到堆積條形圖小組件。ATP Production Rate (Basal)(ATP 產生速率(基礎))小組件可為各組創建基礎糖酵解 ATP 產生速率(上方藍色條)和基礎線粒體呼吸 ATP 產生速率(下方紅色條)的堆積條形圖(下圖,左)。此小組件適用于標準和誘導檢測工作流程。
- Add Widget > XF ATP Rate Assay ? XF ATP Rate Index(添加小組件 > XF ATP 速率測定 ? XF ATP 速率指數):當前可在 XF ATP 速率測定小組件列表中找到 XF ATP 速率指數。XF ATP 速率指數小組件以空心圓標記繪制基礎線粒體呼吸 ATP 產生速率與基礎糖酵解 ATP 產生速率的比值,并以實心圓標記繪制每組的誘導線粒體呼吸 ATP 產生速率平均值與誘導糖酵解 ATP 產生速率平均值的比值(僅當應用于誘導分析結果文件時 — 下圖所示小組件顯示了誘導 XF ATP 速率測定的數據)。另請注意,必須為檢測液、背景孔和實驗組分配正確的緩沖系數,然后才能計算該小組件數據。
5.5 導出和共享數據
將您的數據庫表格排除為 Microsoft Excel 或 GraphPad Prism 文件夾,或運用 Seahorse Analytics 與公司合作家馬上數據庫服務您的后果數據庫表格和認知。 參數排除: 有些具體方法還可以將 Seahorse Analytics 中的資料導成為 Microsoft Excel、GraphPad Prism 或圖文文件目錄。 導入因此強度數據資料 必須要 創立含蓋所選擇信息名稱的絲毫速度數值顯示的 Excel 和 Prism 信息名稱。該排除不還包括已在具體分析視圖里核算的絲毫指標核算值(如自備氣息特性),您將必須要 從各班級件分開排除哪些數值顯示。- 前往 Files(文件)或 Home(主頁)視圖。
- 點擊文件列右側所示的 3 個點以顯示菜單。
- 點擊 Export to Excel(導出到 Excel)或 Export to Prism(導出到 Prism)以創建所需文件。
- 使用百度主頁和文件格式視圖中單個文件菜單下的 Export to Excel(導出到 Excel)和 Export to Prism(導出到 Prism)選項(綠色高亮,右圖)。
咋樣選用該另存工作?這種類型的數據導出使用戶能夠輕松地將所有速率數據(OCR、ECAR 和 PER 數據)傳輸到 Prism 或 Excel 中,以創建高質量或自定義數據圖、執行統計分析以及 Seahorse Analytics 未提供的其他分析功能。
從很多隊伍件保存選出的統計資料:您可以將選定的各個小組件中的數據導出到 Excel 和 Prism 文件中。導出文件中的數據將完全按照小組件中設置的格式顯示。例如,如果將小組件配置為在 well(孔)模式下顯示基礎呼吸,則 Prism 導出文件將包含各組各個孔的基礎呼吸數據。如果將小組件配置為在 group(組)模式下顯示基礎呼吸,則 Prism 導出文件將顯示組平均值和誤差值,而不是單個孔的數值。
是如何導成擁有效率信息:- 在任意分析視圖或小組件編輯器視圖中,找到小組件右上角的小云朵按鈕。
- 將鼠標移動到云朵按鈕上可顯示 Image(圖像)和 Data(數據)導出選項。
- 將光標滑動到 Image(圖像)上方以將小組件導出為 PNG 或 JPG 文件,或滑動到 Data(數據)以將小組件導出為 Excel 或 Prism 文件。
- 導出文件中的數據將完全按照小組件中設置的格式顯示。在此示例中,Prism 導出文件包含孔板上兩個組的每孔基礎呼吸值。
要怎樣利用該另存特點?此類型的數據導出使用戶能夠將所選速率或參數數據輕松導出為圖像文件,或者導出為 Prism 或 Excel 文件。Prism 和 Excel 導出使您可以準確獲取想要進一步分析的數據(例如用于創建高質量或自定義數據圖、執行統計分析以及 Seahorse Analytics 未提供的其他分析功能),而不是導出所有數據,然后再嘗試找到所需要的具體信息。
壓縮文件互享:
您可以使用內置的相關文件共享軟件功能與合作者或您的團隊共享各個分析結果文件。公享功能位于主頁設置和文檔視圖上每個分析結果文件右側的 3 點式菜單下(右圖)。
點擊 Send to(發送至)將顯示一個對話框,輸入收件人的電子郵件地址,然后點擊 Send(發送)以發送您的數據文件。如果收件人沒有 Seahorse Analytics 賬戶,他們必須創建一個賬戶才能查看數據文件。如果收件人有賬戶,他們將收到一封電子郵件,通知他們收到了一份共享文件。他們也將在 Seahorse Analytics(右上角的鈴鐺圖標)中看到一則通知,他們將在此接受(或拒絕)該共享文件。
怎么利用該共享資源基本功能?共享功能允許您直接通過應用程序向具有或不具有 Seahorse Analytics 賬戶的人發送分析結果文件。您選擇共享的分析結果文件將在收件人的賬戶中創建一個該數據文件的副本,小組件布局、選擇和分析視圖與共享文件之前您設置的格式完全相同。收件人可以對共享文件進行修改,但您這邊的文件將保持不變。
僅顯示 Seahorse 的信息
更改儀器類型這一部分重點介紹了使用 Wave Desktop 和報告生成器軟件查看并分析檢測結果數據。如需顯示 Seahorse Analytics 的幫助內容,請點擊此處。
Wave Desktop 是用于任意 XF、XFe 和 XFp 分析儀生成的結果文件的數據分析軟件。使用 Wave Desktop 的靈活分析視圖、內置報告工具和其他強大的分析功能,可以將復雜的細胞代謝數據轉化為可發布的結果。
XF 報告書出現器是 Microsoft Excel 宏文件,可自動計算每個 Seahorse XF 檢測試劑盒的參數,并將結果數據呈現在一頁紙的定制總結報告中。
選澤之下主題知曉太多企業信息:5.1 電腦性能指標與兼容性
Wave Desktop 不是款適合于那些 Seahorse 具體分析一下儀的進行實驗規劃和數據資料具體分析一下pc軟件,不支持:- 對所有 Seahorse 分析儀(XFe96、XFe24、XFp、XF96 和 XF24)的數據文件進行分析。
- 為 XFe96、XFe24 和 XFp 分析儀創建并定制分析模板。
- 將數據導出至 (1) Microsoft Excel、(2) GraphPad Prism 或 (3) XF 報告生成器。
- 支持 Windows 和 Macintosh 電腦的 Microsoft Excel(32 位和 64 位)。
建議更新到 Wave Desktop 軟件最新版本。Wave Desktop 軟件的最新版本是 2.6.1 版(2019 年 4 月)。Wave Desktop 軟件可安裝在采用 Windows 7 或更高版本操作系統的任意電腦上。
這是 Wave Desktop 2.6 系統軟件的pc特點評價指標和兼容性設置商品詳情:計算機 | 性能指標 |
---|---|
Windows PC | 操作的軟件系統:Windows 7、8.1 和 10 |
治理 器:Intel Core i3(或更高配置) | |
電腦硬盤發展空間:175 GB | |
系統化電腦內存 (RAM):4 GB(最小*) | |
手機屏幕簽別率:1280 × 800(最小) | |
支持系統的 Excel 型號:2010、2013 和 2016 | |
Macintosh 電腦(需要使用虛擬機) | 運營模式:Mac OSx 10.11 或更高 |
模擬機:Parallels 12 與 Windows 7、8.1、10 | |
除理器:Intel Core i3(或更高配置) | |
1t硬盤面積:175 GB | |
平臺電腦內存 (RAM):4 GB(最小*) | |
顯示屏幕分別率:1280 × 800(最小) | |
幫助的 Excel 舊版:2011 和 2016 |
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5.2 數據類型
神經元需氧量(吸氣)和質子分泌物(糖酵解)使得溶于性氧和游離態質子的滲透壓遭受短時間且易側量的發展。安捷倫 Seahorse XF 定量檢驗儀可依據提取細孔板中三層神經元上單純形體型大小(約 2 μL)的檢驗液,隨時側量溶于性氧和什么是自由質子滲透壓,第二步區別算起出 OCR 和 ECAR。利用 Wave Desktop 軟件下載,您可以輕松獲得并查看以下數據:
XF 分析儀的主要輸出是速率數據。
耗氧率 (OCR):每孔耗氧量的定量測量值,是線粒體呼吸的一個指標,以皮摩爾/分鐘 (pmol/min) vs 時間進行報告。
在 Rate(速率)模式(右)下顯示的耗氧率 (OCR) 數據
生殖細胞外硝化作用率 (ECAR):細胞外檢測液中質子釋放的定性測量值,以 pH 千分之一/分鐘 (mpH/min) vs 時間進行報告。
在 Rate(速率)模式(右)下顯示的細胞外酸化率 (ECAR) 數據
質子解放率 (PER):細胞外酸化程度的定量指標,考慮了檢測液緩沖能力和孔板幾何形狀。以皮摩爾/分鐘 (pmol/min) vs 時間進行報告。只能在運行后的實驗結果分析中獲得,在分析運行期間無法獲得 PER。
參閱 Wave 用戶指南第 3 章,了解關于 Wave 軟件可用數據類型的更多信息。
水平數據用于計算速率數據,也可用于診斷目的。
氧溶液濃度 (mmHg):細胞(或其他生物材料)在測量過程中會消耗氧氣,導致氧張力降低。這種氧張力的降低可用于計算耗氧率 (OCR)。您可以利用 Y1 下拉菜單中的概覽分析視圖查看氧張力水平數據。
Level(水平)模式(右)下以 mmHg 相對時間變化顯示的氧張力 (O2) 數據
質子鹽濃度 (mpH):細胞(或其他生物材料)在測量過程中會產生質子,導致質子濃度增加。測量整個 XF 分析過程中微室內的游離質子濃度,并作為細胞外酸化率 (ECAR) 進行計算。您可以使用 Y1 下拉菜單中的“概覽”分析視圖查看 mpH 水平數據。
在 Level(水平)模式(右)下顯示的質子濃度 (mpH) 數據
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5.3 數據顯示選項
Wave 提高了了組在觀察并詳解實驗報告報告資料的條件圖案工具欄。Wave 可可根據選擇的分析一下視圖業務類型重新估算,并將報告資料以正確方式英文圖案化:動力學曲線
扭結構測力擬合擬合線性是表達 XF 概述儀數率數據表格信息最先用的有一種方式方法。扭結構測力擬合擬合線性的 y 軸表達數率,x 軸表達用時。在概述過程中中,收集的數據表格信息將進行繪結合扭結構測力擬合擬合線性。扭結構測力擬合擬合線性可以在 Wave 游戲的快視圖和概覽概述視圖上尋到。能量圖
另外一個種作圖 XF 結論大數據表格的種類具體方法是動能圖(散點圖),在其中 y 軸基本代表耗氧率 (OCR),x 軸常代表堿化大數據表格(ECAR 或 PER)。采用“檢測”下拉萊單選用傳輸速度檢測值,以顯示信息每組的動能圖。采用“傳輸速度”下拉萊單將 x 軸的傳輸速度轉成 PER。也可以在迅速視圖和 OCR 與 ECAR 探討視圖例遇到動能圖幾何圖形頁面。板布局
板規劃最好地表示了4個實驗設計孔選擇頻率精確測量的頻率數劇。在探討步驟中,板規劃基本上表示在 Wave 的右上角,也可在怏速視圖、概覽相應 OCR 與 ECAR 探討視圖里遇到。怏速視圖里還有這個個表示板規劃的按紐,默許為修改階段。Quick View(快速視圖)和 OCR vs. ECAR(OCR 與 ECAR)分析視圖中的板方式 顯示了兩種速率:耗氧率(OCR — 頂部)和酸化數據(ECAR 或 PER — 底部)。Overview(概覽)分析視圖中的板規劃顯示了一種速率 — OCR、ECAR 或 PER。
打開一個新的分析視圖時,板布局缺省體現 速度衡量 1 的大數據淺析。在淺析操作過程中,導致用“速度”下拉選項卡體現 別的個速度衡量的大數據淺析。
條形圖
Bar Graph(條形圖)僅在概覽分析視圖(板布局下方)中可見,顯示的是所選測量的每組平均速率。使用 Display(顯示)下拉菜單將速率顯示從組(平均)變為孔(單個孔)模式。
長條圖可用于確定異常值、最佳 FCCP 濃度、最佳細胞接種密度,或在測量數據繪制成動力學曲線或散點圖時可能不明顯的其他趨勢。
組列表
組目錄是動力學曲線或散點圖中繪制數據的圖例。
用組列表框就能夠:- 雙擊組名隱藏或顯示各組的數據圖。
- 勾選組列表右上角的 Details(詳情)框可顯示組統計數據。統計數據顯示為所選速率測量的平均值和誤差。選擇不同的速率測量可顯示該速率的組統計數據。
- 板布局中退出的實驗孔不包括在計算的組統計數據中。
- 隱藏某個組時,該組的平均值和標準偏差為:平均值 0.00;標準偏差 0:00。
參閱 Wave 用戶指南第 3 章,了解關于 Wave 軟件可用數據類型的更多信息。
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5.4 分析視圖
4 個可定制的分析視圖可添加到 Wave Desktop 的分析結果文件中。使用頂層功能區菜單中的 Add View(添加視圖)按鈕,將每個分析視圖多次添加到一個分析結果文件中。
快速視圖
Quick View(快速視圖)是打開一個新的分析結果文件時顯示的默認分析視圖。快速視圖同時顯示 OCR 與時間的動力學曲線、ECAR 與時間的動力學曲線,以及 OCR 與 ECAR 的能量圖。
概覽
Overview(概覽)顯示速率(OCR、ECAR、PER 或 PPR)與時間的動力學曲線。y 軸顯示所選速率,x 軸顯示日子。勾選動力學曲線圖下 Group List(組列表)中的 Details(詳情)框可顯示每個測量的組統計數據(平均速率與誤差)。概覽是 Wave 軟件中用于常規分析功能最通用的分析視圖。如需顯示概覽,點擊 Add View(添加視圖)并從視圖列表中選擇 Overview(概覽)。
技術:重復 Add View > Overview(添加視圖 > 概覽)過程可添加多個“概覽”分析視圖。這為自定義結果數據呈現方式,以顯示特定組、響應或組之間的對比提供了更大的靈活性。
OCR 與 ECAR
OCR vs. ECAR(OCR 與 ECAR)視圖顯示了一個能量圖,其中 y 軸為 OCR(默認),x 軸為 ECAR。利用“速率”下拉菜單可將 x 軸顯示的速率更改為 PER 或 PPR。y 軸通常顯示 OCR,無法修改。如需顯示 OCR 與 ECAR,點擊 Add View(添加視圖)并從視圖列表中選擇 OCR vs. ECAR(OCR 與 ECAR)。
數據
Data(數據)視圖包含與分析結果文件相關的所有數據,分為 7 個選項卡:
- Group Data(組數劇):每組的平均速率數據(OCR、ECAR、PER 或 PPR)和誤差,按測量編號排序。
- Rate(傳輸速率):按測量編號排序的單孔速率數據(OCR、ECAR、PER 或 PPR)。不顯示誤差值。
- Level Data(情況數據文件):按測量編號排序的各個孔的水平數據(O2 和 pH)。
- Raw(原狀數據文件):原始測量數據,包括每次測量記錄的 O2 和 pH 光發射值、參考值、孔和環境溫度。該選項卡最常用于技術支持,而非常規數據分析。
- Calibration(校對):每孔的 O2 和 pH 校準結果。
- Calibration View(效正視圖):每個實驗孔的 O2 和 pH 校準結果,顯示為板布局。
- Event Log(事件處理記錄):分析儀序列號、軟件版本、板與條碼批號等分析信息以及分析期間的其他設置。還提供了 XF 分析時使用的方案命令可排序表格,包括命令名稱、時間和結果。
如需顯示數據源視圖,點擊 Add View(添加視圖)并從視圖列表中選擇 Data(數據)。打開大數據視圖時,默認顯示組數據選項卡。
參閱 Wave 用戶指南第 3 章,獲取關于每個分析視圖的詳細信息,包括將數據重新計算為基線百分比、將速率數據歸一化為生物學參數(即細胞數量)、在板布局上標記實驗孔,以及其他關鍵分析功能和特征。
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參考資料
5.5 XF 報告生成器
安捷倫 Seahorse XF 計劃書生成二維碼器是 Microsoft Excel 宏zip文件,可一鍵計算的4個 Seahorse XF 在線檢測化學試劑盒的參數指標,并將行業報告單數據信息反映在空白頁紙的來樣加工匯報計劃書中。Wave 可一鍵式直接將結果數據導出至 XF 報告生成器,Wave 中對結果數據的任意修改(如排除的實驗孔或歸一化速率數據)都將包含在導出和分析的報告生成器 Excel 文件中。單擊頂層功能區菜單中的 Export(導出)選項,可顯示可用的 XF 報告生成器導出選項列表。
為何使用 XF 報告生成器?
- 更高效、更一致的數據分析 — 將原始動力學數據轉化為可解析的結果,避免重復的手動計算和數據處理。
- 幾秒內總結出 XF 結果數據 — 以有序、可定制、易于理解的報告形式呈現數據。
- 可擴展以滿足您的分析需求 — 使用多文件 XF 報告生成器一次性導入并分析最多 5 個重復結果文件。
- 協作更簡單 — 無需任何特殊軟件程序或許可,即可查看并重新分析報告生成器中的結果數據。
- 支持以下分析:
- 在 Seahorse XFe、XF 和 XFp 分析儀上生成的數據文件。
- Windows 電腦上的 Microsoft Excel 2010、2013 和 2016。
- Apple 計算機上的 Mac 2011 和 2016 Excel。
XF 報告生成器 — 下載頁面 | 單文件分析 | 多文件分析 |
---|---|---|
Seahorse XF 細胞能量代謝表型測試 | 單文件用戶指南 | 多文件用戶指南 |
Seahorse XF 細胞線粒體壓力測試 | 單文件用戶指南 | 多文件用戶指南 |
Seahorse XF 實時 ATP 速率測定 | 單文件用戶指南 | 不適用 |
Seahorse XF 糖酵解速率測定 | 單文件用戶指南 | 多文件用戶指南 |
Seahorse XF 線粒體底物分析 | 單文件用戶指南 | 不適用 |
Seahorse XF 糖酵解壓力測試 | 單文件用戶指南 | 不適用 |
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參考資料
僅顯示 Seahorse 的信息
更改儀器類型6. 更多信息
6.1 XF 分析與應用
安捷倫 XF 探測實驗化學微生物培養基盒和實驗化學微生物培養基特代替 XF 進行檢測儀,可加強組織領導沒想到的穩定穩定和完全一致性檢驗。Seahorse XF 實驗化學微生物培養基盒和實驗化學微生物培養基完成展示預校對、預測試過的實驗化學微生物培養基,來簡略 XF 進行定量分析的執行,代替法測有實際價值的技能模塊代謝轉化參數值,包含細胞 ATP 造成傳輸率、線粒體技能模塊、糖酵解催化活性,與活細胞、透化細胞和隔離的線粒體中的底物氧化的。注:所有 XFp 檢測試劑盒和消耗品均與 XF HS Mini 分析儀兼容。
一些村料給予了來進行很多 XF 剖析的產品信息和策略。細胞 ATP 產生
線粒體底物氧化
免疫細胞活化檢測
6.2 XF 代謝數據的歸一化方法和策略
就算是比與眾不同的細胞業務類型、隔代遺傳表達還是有機化合物整理,的功能菌物學數劇的歸一化皆是進行 XF 進行具體概述和/或后來的 XF 數劇進行具體概述和解析視頻本職工作程序流程中的重點組合而成這部分。XF 進行具體概述的歸一化也可以應該用于三種標準,主要包括細胞數、遺傳基因組 DNA 和總細胞血清。 下列原料為您帶來了了 XF 相關信息歸一化手段的相關信息。6.2 脂肪酸氧化實驗
組織細胞組織細胞代謝行業和能量消費消費的上下調整和底物氧化的不一致性應該如何想組織細胞組織細胞代謝上下調整的移動信號轉導邏輯在某種意義免疫組織細胞學、肺癌和干組織細胞生態學學和用藥靶LOGO別和反應邏輯設計等各種各樣的方面的設計人數來說一是一種個關鍵性的科研課題。6.3 透化細胞和分離的線粒體
線粒體工作理論設計是藥學和基礎框架科學課理論設計的體系化。安捷倫 Seahorse XF 腫瘤細胞線粒體阻力自測可帶來剛開始線粒體生物制品電量排泄率譜。那么,對驅程所觀看到的轉化的單一酶或經由開始判斷就能夠帶來別數據信息以其疫情工作的狀態下排泄率酶對於該疫情工作的狀態的涉及到的轉化。 深入分析方案底物氧化物的傳統型最簡單的方法密切相關線粒體的脫離出來,XF 闡述儀支持軟件高通芯片量闡述,這對深入分析進展深入分析方案,其電量要求和底物也會性都會以適用更小量的脫離出來線粒體進行嚴格的調整。 而是,在分開線粒體時會有些短處,還包括占比有限責任和緣于分開當天線粒體的亞選取或直接板材損害面臨的偏移。XF 神經元系膜層次感劑 (PMP) 在貼壁神經元系的質膜中進行孔,而不會輕易對線粒體膜發生任意引起性直接板材損害。該制劑經由完整版神經元系能克服了與應用分開的線粒體或底物添加培養計劃基想關的挑戰。6.4 缺氧和細胞球體
6.4 缺氧和胰島
6.4 缺氧
定量闡述一下儀兼有在二氧化碳氣瓶減掉的環保(缺養游戲)同時哪些 業務類形的三維立體圖像試樣(包擴胰島)中校正方法分解產生轉化的程度。定量闡述一下儀兼有在二氧化碳氣瓶減掉的環保(缺養游戲)同時哪些 業務類形的三維立體圖像試樣(包擴細胞球體)中校正方法分解產生轉化的程度。定量闡述一下儀兼有在二氧化碳氣瓶減掉的環保(缺養游戲)中校正方法分解產生轉化的程度。缺氧
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